在处理刑事案件调查不清楚的情况时，我们需要根据案件所处的不同诉讼阶段来采取相应的措施。以下是对这一问题的详细解答：

一、侦查阶段

在侦查阶段，如果公安机关经过侦查后发现证据不足、事实不清，那么他们有权进行补充侦查。但补充侦查的次数是有限制的，通常以二次为限。如果经过二次补充侦查后，仍然无法查清案件事实，或者证据仍然不足，不符合起诉条件的，公安机关应当作出撤销案件的决定。如果此时犯罪嫌疑人已经被逮捕，那么公安机关需要立即释放犯罪嫌疑人，并通知原批准逮捕的检察院。

二、审查起诉阶段

当案件进入审查起诉阶段后，检察院会对案件进行进一步的审查。如果检察院认为案件证据不足，或者经过二次补充侦查后仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，那么检察院应当作出不起诉的决定。这意味着，如果案件在审查起诉阶段仍然无法查清，犯罪嫌疑人将不会被提起公诉。

三、审判阶段

在审判阶段，如果法院经过审理后认为证据不足，无法认定被告人有罪，那么根据“疑罪从无”的原则，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这一原则体现了对被告人权益的保护，确保了在证据不足的情况下，被告人不会被错误地定罪。

四、证据不足的判定标准

在判定证据是否充足时，我们需要综合全案证据进行审查判断。这包括证据的真实性、与案件的关联性、来源的合法性等方面。如果证据对案件事实的证明无法达到法定标准，那么就属于证据不足。在这种情况下，无论是公安机关、检察院还是法院，都不能强行认定事实成立。

五、实际案例与操作细节

以您提到的案例为例，小朱因涉嫌盗窃罪被公安机关立案侦查。在侦查过程中，公安机关收集的证据存在诸多疑点，难以形成完整证据链证明小朱实施了盗窃行为。经过二次补充侦查后，证据仍然不足。最终，在审判阶段，法院审理也认为证据不足以认定小朱有罪，因此作出了无罪判决。

在实际操作中，如果被告人对不起诉决定不服，他们可以通过法律途径提出申诉或复议。而在审判阶段，如果证据不足导致无罪判决后，被害人如果认为判决有误，也可以通过上诉等法律途径来寻求救济。

综上所述，处理刑事案件调查不清楚的情况需要根据案件所处的不同诉讼阶段来采取相应的措施。这体现了对被告人权益的保护和对司法公正的维护。如果您或您身边的人遇到类似问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律帮助。