在刑事案件中，如果账目查不清，即犯罪事实不清、证据不足，处理流程会根据案件所处的不同阶段而有所差异。以下是对此情况的详细解答：

一、侦查阶段

• 处理方式：若公安机关在侦查后发现证据不足、事实不清，可以撤销案件。此时，如果犯罪嫌疑人已被逮捕，应立即释放，并通知原批准逮捕的检察院。
• 法律依据：这一处理是基于《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，旨在保障犯罪嫌疑人的合法权益，避免不当羁押。

二、审查起诉阶段

• 一次补充侦查：检察院对证据不足、无再次侦查必要的案件，可以作出不起诉决定。
• 二次补充侦查：对于二次补充侦查的案件，如果检察院仍然认为证据不足、不符合起诉条件，应当作出不起诉决定。此时，犯罪嫌疑人同样应被立即释放。
• 法律依据：这一阶段的处理同样遵循《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，确保案件的公正性和合法性。

三、审判阶段

• 处理方式：法院在审理过程中，如果认为证据不足，无法认定被告人有罪，应作出证据不足、指控犯罪不成立的无罪判决。
• 法律依据：这一判决是基于《中华人民共和国刑事诉讼法》中“疑罪从无”的原则，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应判定其无罪。

四、后续处理

• 无罪释放申请：在犯罪事实不清的情况下，嫌疑人、被告人或其法定代理人、近亲属、辩护人可以申请无罪释放。这一申请可以依据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定提出。
• 证据补充与追诉：若后续有新的证据或线索足以证明犯罪事实，检察机关可以重新启动追诉程序。

五、总结与建议

• 全面收集证据：为避免犯罪事实不清的情况，侦查机关在初期就应全面、细致地收集证据。
• 严格审查证据：检察机关在审查起诉阶段应严格审查证据，确保案件的公正性和合法性。
• 保障权益：在整个司法进程中，应充分保障犯罪嫌疑人的合法权益，避免不当羁押和错误判决。

综上所述，刑事案件账目查不清时，会根据案件所处的不同阶段和具体情况进行相应处理。在整个过程中，都应严格遵循法律规定，确保司法公正和合法权益的保障。