在治安行政案件中，若在法定期限内事实调查不清楚，通常有以下几种处理方式：

1. 继续调查取证：

   • 公安机关在法定期限内若未能将事实调查清楚，应当继续开展调查工作，通过补充询问、勘验、检查、鉴定、辨认等多种方式，进一步收集证据，以查明案件事实。这是确保案件公正处理的基础，也是公安机关的法定职责。

2. 依法延长办案期限：

   • 如果因案件复杂或其他特殊原因，确实无法在法定期限内完成调查并作出处理决定，公安机关可以依法延长办案期限。但延长办案期限需要符合法定条件，并经过相应的审批程序，确保程序的合法性和正当性。

3. 作出相应处理决定：

   • 证据不足，撤销案件或不予处罚：如果经过继续调查后，仍然无法收集到足够证据证明违法事实存在，公安机关应当根据《治安管理处罚法》等相关法律法规的规定，撤销案件或者作出不予处罚的决定。这是保障当事人合法权益的重要体现，也是防止错案发生的重要措施。
   • 部分事实清楚，部分处理：在案件部分事实已经查清的情况下，如果这部分事实足以支持对当事人的部分处罚，公安机关可以依法对这部分事实作出处理决定。同时，对于尚未查清的部分，应当继续调查，待查清后再作进一步处理。

4. 加强内部监督与责任追究：

   • 公安机关应当加强对治安行政案件办理工作的内部监督，确保案件办理的合法性和公正性。对于因故意或重大过失导致案件事实调查不清楚、处理不当的办案人员，应当依法追究其责任，以维护法律的尊严和权威。

建议：

• 对于当事人而言，如果认为公安机关在治安行政案件中未能依法履行调查职责或处理不当，可以依法向上级公安机关或相关部门提出申诉或控告，维护自己的合法权益。
• 公安机关在办理治安行政案件时，应当严格遵守法定程序和时限要求，确保案件处理的合法性和公正性。同时，也应当加强与当事人的沟通联系，及时告知案件进展情况，保障当事人的知情权、参与权和申诉权。