若公安局调查不全导致事实认定不清，进而影响处罚决定并在行政诉讼中被质疑，你可以采取以下措施：

1. 在行政诉讼中主张调查不全面：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，被告（即公安局）对其作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。若公安局在调查过程中存在不全面、不细致的情况，导致事实认定不清，那么在行政诉讼中，这将成为其行政行为违法或不当的有力证据。
   • 具体做法：你可以在行政诉讼中明确指出公安局在调查过程中的不足，如未收集关键证据、未询问重要证人、未进行必要的现场勘查等，并提交相关证据或线索来支持你的主张。

2. 要求法院撤销或变更处罚决定：

   • 法律依据：若法院认定公安局的调查确实存在不全面、事实认定不清的情况，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第七十条的规定，法院可以判决撤销或者部分撤销该处罚决定，并可以判决被告重新作出行政行为。
   • 具体做法：在行政诉讼中，你可以明确请求法院撤销或变更公安局的处罚决定，并说明撤销或变更的理由，即公安局的调查不全面导致事实认定不清。

3. 申请法院调取证据或要求公安局补充调查：

   • 法律依据：在行政诉讼过程中，若你认为有必要调取某些证据来支持你的主张，或者认为公安局应当补充调查以查清事实，你可以根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，向法院申请调取证据或要求公安局补充调查。
   • 具体做法：你可以向法院提交书面申请，说明需要调取的证据或要求公安局补充调查的内容，并附上相关线索或理由。法院在审查后，若认为有必要，会依法进行调取或要求公安局补充调查。

4. 关注行政诉讼的举证期限和程序要求：

   • 注意事项：在行政诉讼中，举证期限和程序要求是非常重要的。你需要在规定的期限内提交证据和答辩状，并按照法院的要求参加庭审等活动。若因自身原因错过举证期限或违反程序要求，可能会对你的诉讼主张产生不利影响。
   • 具体做法：你可以咨询专业律师（虽然此处不直接推荐咨询，但强调了解程序的重要性），或者自行查阅相关法律法规和司法解释，了解行政诉讼的举证期限和程序要求，并严格按照要求进行操作。

后续行动建议：

• 收集并保存证据：在行政诉讼过程中，证据是支持你主张的关键。你需要尽可能收集并保存与案件相关的所有证据，包括书面材料、物证、证人证言等。
• 积极参与庭审：庭审是行政诉讼的重要环节。你需要积极参与庭审活动，充分陈述自己的主张和理由，并回答法院和对方当事人的提问。
• 关注判决结果并执行：若法院作出判决，你需要关注判决结果并按照要求执行。若对判决结果不服，你可以在规定期限内提起上诉或申请再审。

可能面临的法律后果：

• 若法院支持你的主张：法院可能会撤销或变更公安局的处罚决定，并可能要求公安局重新作出行政行为或承担其他法律责任。
• 若法院不支持你的主张：法院可能会维持公安局的处罚决定，你需要按照决定内容执行或承担其他相应后果。但在此情况下，你仍可以依法提起上诉或申请再审来维护自己的合法权益。