两个公司控股一个公司时，它们之间签订的合同在符合法律法规规定、双方意思表示真实、内容合法且不存在利益冲突等前提下，通常是有效的。以下从不同角度对此进行详细分析：
一、合同有效的基础条件
法律主体的独立性：
- 即便两个公司控股同一个公司，它们在法律上仍是相互独立的主体，各自具有独立的民事权利和行为能力。因此，它们之间签订的合同，在法律上是被认可的。
双方具有相应的民事行为能力：
- 控股公司与被控股公司均应具备签订合同的主体资格，即它们应在其营业执照登记的经营范围以及相关法律法规允许的经营活动范围内签订合同。
意思表示真实：
- 合同必须是基于真实的商业目的和意愿签订，不存在欺诈、胁迫、重大误解等导致意思表示不真实的情形。这是合同有效的基本前提。
合同内容合法合规：
- 合同内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益以及他人合法权益。例如，交易标的不能是法律法规禁止流通的物品，交易内容也不能是逃避法定税收等违法安排。
二、可能影响合同效力的特殊情况
存在利益冲突：
- 如果在交易过程中，没有遵循公平、公正的交易原则，存在严重损害其中一方公司或其股东利益的情况，如通过不合理的高价或低价进行资产转移，那么合同可能被认定为无效或可撤销。
违反公司章程或内部规定：
- 若公司章程或内部规定对公司对外交易有特殊规定或限制，如某些重大交易需经过特定程序或股东会、董事会批准等，而该交易合同未遵循这些规定，则合同效力可能受到影响。
关联交易的特殊处理：
- 如果控股公司与被控股公司之间的交易属于关联交易，那么可能需要按照相关法律法规和公司章程的规定进行披露、审批或回避表决，以保障公司及其他股东的利益。未遵循这些规定可能影响合同的效力。
三、实际操作的注意事项
明确合同条款：
- 在签订合同时，应详细列明双方的权利和义务、履行方式、违约责任等重要事项，以避免后续可能出现的纠纷。
保留证据：
- 在合同签订及履行过程中，应妥善保存相关证据，如合同文本、签字盖章记录、交易凭证等，以备日后可能的纠纷处理。
遵守法律法规和公司章程：
- 在签订合同时，应仔细审查合同内容是否符合法律法规和公司章程的规定，确保合同的合法性和有效性。
四、法律后果
- 只要合同符合上述有效性要件，且双方按照合同约定履行各自的义务，那么该合同就具有法律效力，受到法律的保护。若合同发生争议，双方可依据合同约定及相关法律法规寻求法律救济。
建议：在签订此类合同时，务必确保合同的合法性、合理性和有效性，并特别注意关联交易的处理及合同条款的明确性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。