核心前提：农村房屋在2007年未经审批加盖二层，现面临离婚财产分割问题。 核心要点：

1. 加盖行为的合法性；
2. 离婚时财产的认定与分割原则。

结论与详细分析：

1. 加盖行为的合法性认定：

   • 2007年未经审批在农村一层房屋上加盖二层，属于违法建设行为。根据《城乡规划法》及相关地方性法规，未经规划部门批准擅自建设，可能面临责令停止建设、限期改正、罚款甚至强制拆除等行政处罚。
   • 但需注意：违法建设行为本身不影响房屋作为夫妻共同财产在离婚时的分割，只是可能影响房屋的价值评估及分割方式。

2. 离婚时财产的认定与分割：

   • 房屋性质认定：若加盖部分是在婚姻关系存续期间完成，且双方有共同出资或投入（如资金、劳务等），则加盖部分应视为夫妻共同财产。
   • 分割原则：
     • 协商分割：首先，双方应尝试通过协商达成一致，确定加盖部分的归属或分割比例。
     • 法院判决：若协商不成，法院将根据房屋的实际使用情况、出资情况、贡献大小等因素，结合公平原则进行判决。法院可能考虑将加盖部分的价值评估后，按比例分配给双方，或判决一方获得房屋所有权并给予另一方相应的经济补偿。
   • 特殊情况：若加盖行为完全由一方个人出资且未用于家庭共同生活，或存在其他特殊情况（如一方隐瞒加盖事实），法院可能根据具体情况调整分割比例。

3. 建议与注意事项：

   • 收集证据：双方应尽可能收集与加盖行为相关的证据，如出资凭证、施工合同、照片等，以证明各自的贡献和投入。
   • 合法化处理：若条件允许，可尝试通过补办审批手续等方式使加盖部分合法化，以减少后续法律风险。
   • 专业评估：在分割前，建议对房屋及加盖部分进行专业评估，以确定其市场价值，为分割提供依据。

总结：农村房屋未经审批加盖二层，在离婚时仍可能作为夫妻共同财产进行分割。分割时，法院将综合考虑房屋的实际使用情况、出资情况、贡献大小等因素，结合公平原则进行判决。双方应积极收集证据，尝试协商分割，必要时可寻求专业法律帮助。如有具体法律问题，可直接向我咨询。