关于二婚夫妻婚后在农村共同盖的自建房在离婚时如何分配的问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂问题。以下是我根据相关法律知识和实践经验给出的解答：
首先，我们要明确的是，婚后夫妻双方共同出资、出力建造的自建房，通常被视为夫妻共同财产。在离婚时，这类财产的分配原则上是平等的，但也会考虑到一些特殊情况。
如果夫妻双方在建房前有明确的归属约定，那么离婚时应按照约定进行分配。这体现了尊重当事人意愿的原则。
如果没有明确的归属约定，那么在分配时会综合考虑建房时的出资情况、双方的贡献大小等因素。例如，如果一方在建房过程中出资较多或贡献较大，那么在分配时可能会适当多分一些。
需要注意的是，如果建房的土地是一方婚前取得的，那么这部分土地的使用权可能归该方所有。但婚后共同出资扩建的部分仍然属于夫妻共同财产，离婚时可以就扩建部分进行分割。
另外，如果一方不是村集体成员，但婚后与村集体成员共同建造了自建房，那么在离婚时可能会面临一些特殊情况。根据相关法律规定，非村集体成员可能无法直接获得房屋的所有权，但可以获得相应的经济补偿。补偿的具体数额会结合建房成本、使用年限等因素来确定。
总的来说，二婚夫妻婚后在农村共同盖的自建房在离婚时的分配是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素。如果双方无法协商达成一致，可以寻求法律途径来解决争议。在处理这类问题时，建议咨询专业的法律人士以确保双方的权益得到妥善处理。