核心结论：夫妻共同盖的农村自建房在离婚协议中的分割，需先明确房屋产权归属，再根据实际情况协商或通过法律途径确定分割方式。以下为具体分析：

1. 明确房屋产权归属

   • 若房屋产权登记在双方名下：这通常意味着房屋属于夫妻共同财产。在离婚协议中，双方应明确房屋的产权归属，可以选择将房屋归一方所有，并由该方给予另一方相应的经济补偿；或者双方共同保留产权，但这种情况在离婚后可能因管理、使用等问题产生纠纷，因此较少采用。
   • 若房屋产权仅登记在一方名下：这并不意味着房屋就一定属于该方个人财产。如果房屋是在婚姻关系存续期间共同建造的，且双方都有出资或出力，那么房屋仍可能被视为夫妻共同财产。此时，需要收集相关证据（如建房时的出资证明、劳务付出证明等）来证明房屋的共同性质。

2. 协商分割方式

   • 双方协商一致：如果双方能够就房屋的分割方式达成一致意见，那么可以在离婚协议中明确约定。例如，一方取得房屋所有权，并给予另一方一定数额的经济补偿；或者双方约定将房屋出售，所得款项按一定比例分配。
   • 考虑实际情况：在协商分割方式时，应充分考虑双方的实际情况，如经济能力、居住需求等。如果一方经济困难，无法承担房屋的经济补偿，那么可以考虑其他分割方式，如暂时共同居住、分期支付补偿款等。

3. 法律途径分割

   • 若协商不成：如果双方无法就房屋的分割方式达成一致意见，那么可以通过法律途径来解决。根据《民法典》的相关规定，夫妻共同财产的分割应遵循公平、合理的原则。法院在判决时，会考虑房屋的建造情况、双方的出资比例、婚姻关系存续期间的长短、双方的经济状况等因素。
   • 申请评估：在法律途径分割时，如果双方对房屋的价值存在争议，可以申请专业机构对房屋进行评估。评估结果将作为法院判决的重要依据。

4. 离婚协议中的具体表述

   • 明确房屋信息：在离婚协议中，应明确房屋的具体位置、面积、产权归属等信息。
   • 约定分割方式：详细约定房屋的分割方式，包括产权归属、经济补偿的数额和支付方式等。
   • 违约责任：可以约定如果一方未按照协议履行义务，应承担的违约责任，以保障协议的执行力。

示例条款（仅供参考，具体需根据实际情况调整）： “双方共同拥有的位于XX省XX市XX县XX镇XX村的农村自建房（建筑面积XX平方米，产权证号：XX），经协商，归甲方所有。甲方应于本协议生效之日起XX日内，向乙方支付经济补偿款人民币XX万元。如甲方未按期支付，应按未支付金额的XX%向乙方支付违约金。”

在处理此类问题时，建议双方保持冷静和理性，通过协商或法律途径来妥善解决房屋分割问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。