员工拿走6000元货款是否会被法院立案，需根据具体情况综合分析，以下是详细解析：

1. 若涉及刑事犯罪：

   • 职务侵占罪：员工利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。但根据相关司法解释，职务侵占罪的立案数额一般在三万元以上。因此，单纯拿走6000元货款，未达到此标准，公安机关通常不会以职务侵占罪立案。不过，在特殊地区或情节下，可能会进行进一步调查。
   • 盗窃罪：如果员工是通过秘密窃取等手段取得公司货款，且数额达到一千元至三千元以上，即构成盗窃罪。6000元已超出此范围，公安机关通常会予以立案侦查。
   • 挪用资金罪：员工挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，若挪用资金超过3个月未还，且挪用金额达到特定数额（如3万元以上），可能触发立案条件。若挪用资金进行营利活动或非法活动（如赌博、行贿等），挪用金额在5000元至1万元以上即可构成犯罪并立案追究。但在此案例中，若仅为拿走6000元货款且未涉及上述情节，则不构成挪用资金罪的立案标准。

2. 若属于民事纠纷：

   • 如果员工拿走货款有合理缘由，比如与公司存在工资、奖金等争议，认为这6000元是公司应支付给自己的，则一般属于民事纠纷。在这种情况下，公司可以通过协商、调解或民事诉讼等方式来解决，公安机关通常不会按刑事案件立案。

法律建议：

• 对于公司而言，若发现员工拿走货款，应首先尝试与员工沟通，了解其拿走货款的原因和意图。
• 若沟通无果，且怀疑员工涉嫌刑事犯罪，公司应及时向公安机关报案，并提供相关证据。
• 若属于民事纠纷，公司可以考虑通过法律途径解决，如提起民事诉讼，要求员工返还货款并承担相应责任。

可能后果：

• 若员工被认定为刑事犯罪，将面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
• 若属于民事纠纷，员工可能被要求返还货款，并承担因违约或侵权而产生的民事责任。

综上所述，员工拿走6000元货款是否会被法院立案，需根据具体情况进行综合分析。在处理此类问题时，建议公司及时咨询，以确保合法权益得到妥善维护。如果有任何法律问题，都可以直接向我咨询。