工厂一般不会单纯因为员工是持证低保困难残疾人员工且申请法律援助维权而感到害怕，但具体情况需结合工厂的合规情况、员工诉求合理性等因素综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 若工厂依法合规经营，无需过度担忧

• 根据《劳动法》《劳动合同法》《残疾人保障法》等法律法规，工厂有义务保障残疾员工的合法权益，包括平等就业、合理薪酬、无障碍工作环境等。若工厂已严格履行法定义务（如签订劳动合同、缴纳社保、支付合理工资、提供必要劳动保护等），即使员工申请法律援助维权，工厂也无需担心承担违法责任。
• 法律援助的本质是为经济困难或特殊群体提供免费法律服务，帮助其依法维权，而非“偏袒”某一方。若工厂无过错，法律程序会还原事实，工厂无需因员工申请援助而恐慌。

2. 若工厂存在违法行为，可能面临法律风险

• 若工厂存在拖欠工资、未缴纳社保、未提供合理便利、歧视性解雇等违法行为，员工申请法律援助后，相关部门（如劳动监察部门、仲裁机构或法院）会依法调查并要求工厂整改或赔偿。此时工厂可能因违法成本（如补缴社保、支付赔偿金、行政处罚等）而感到压力，但这是对违法行为的合理追责，而非“害怕员工维权”。
• 例如，根据《残疾人就业条例》，用人单位未按比例安排残疾人就业且未缴纳残疾人就业保障金的，可能被责令限期缴纳，逾期不缴的还需加收滞纳金。

3. 法律援助的“中立性”与工厂的应对建议

• 法律援助机构仅根据事实和法律提供帮助，不会因员工身份（如低保、残疾）而偏离公正。工厂应积极配合调查，提供劳动合同、工资记录、考勤表等证据，通过合法途径解决争议。
• 若工厂认为员工诉求不合理（如要求超出法定标准的赔偿），可在仲裁或诉讼中提出抗辩，由第三方机构依法裁决。

4. 特殊群体的保护与工厂的社会责任

• 法律对低保困难残疾人员工有额外保护（如禁止歧视、提供合理便利），但保护不等于“特权”。工厂需在合规基础上，兼顾人文关怀（如调整工作岗位、提供辅助设备），这既能降低法律风险，也能提升企业社会形象。
• 若工厂主动与员工协商解决争议（如补发工资、调整待遇），可能避免法律程序带来的时间成本和声誉影响。

总结：工厂是否“害怕”员工申请法律援助，核心取决于自身是否合法经营。合规工厂无需担忧，违法工厂则需承担相应后果。若您作为员工或工厂方遇到具体争议，可直接向我咨询，我会结合证据和法律条款为您详细分析。