延迟一天离职，用人单位扣三天工资的做法通常是不合法的。以下从几个方面为您详细分析：
一、法律依据与劳动者权益
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条以及《中华人民共和国劳动合同法》第三十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，且用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资是劳动者通过劳动所应获得的报酬，用人单位应当按月以货币形式支付给劳动者本人。延迟一天离职，劳动者仅当天未提供劳动（若当天本应工作），因此用人单位最多只能不支付当天的工资，而扣除三天工资的做法超出了合理范围，侵害了劳动者获取劳动报酬的权益。
二、用人单位规章制度的有效性
虽然用人单位有权根据自身的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，并通过规章制度对员工的考勤等进行管理，但这些规章制度必须符合法律规定，且经过民主程序制定（如与工会或职工代表平等协商确定），并向劳动者明确公示告知。如果规章制度未经这些程序，或内容违反法律规定（如旷工一天扣三天工资），那么该规定对劳动者不具有法律效力。
三、经济损失与赔偿的合理性
如果劳动者延迟离职（可视为一种旷工或未履行完整劳动义务的行为）给用人单位造成了实际经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿损失。但这种赔偿应当基于实际损失的合理计算，并提供相应的证据支持。简单地以扣三天工资这种明显不合理的方式进行赔偿，既不公平也不合法。
四、合法合理的处理方式
对于劳动者的延迟离职行为，用人单位应当依据公司的规章制度或劳动合同约定进行处理。处理方式可以包括给予警告、记过、扣减绩效考核分数、扣减奖金等，但这些处理方式都应当在合法、合理、公正的范围内进行，不能违反国家法律法规的规定。例如，如果规章制度中明确规定了旷工的处罚措施，且该措施符合法律规定并已向劳动者公示，那么用人单位可以按照该措施进行处理，但处罚力度仍需合理。
五、劳动者的维权途径
如果劳动者认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以与用人单位协商解决。协商不成的，劳动者可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在必要时，还可以依法提起诉讼。
建议：
希望以上分析能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。