关于竞业限制补偿金发放时是否需要备注的问题，虽然从法律条文的角度来看，备注并非一项强制性的义务，但考虑到规范化管理和证据保留的重要性，我们强烈建议您在发放时进行备注。

备注的主要作用在于清晰地标明这笔款项的性质和实际用途，即明确指出这是竞业限制补偿金。在未来的法律纠纷或争议中，一个详实且明确的备注将成为有力的证据，有助于证明该款项确实是为了履行竞业限制协议而支付的。

相反，如果没有进行备注，那么在法律纠纷中，您可能会面临更大的举证困难。对方可能会提出异议，声称该款项并非竞业限制补偿金，而是其他性质的款项，这将给您的维权带来不必要的麻烦。

当然，即便没有进行备注，也并不意味着您一定会面临不利的法律后果。只要您能够提供其他有效证据来证明该款项的性质，比如通过银行转账记录、双方签订的竞业限制协议等，仍然有可能维护自己的合法权益。但相比之下，进行备注无疑是一种更为稳妥和有效的做法。

综上所述，为了降低潜在争议的可能性，更好地维护双方的合法权益，我们建议您在发放竞业限制补偿金时进行备注。