针对投标单位不足三家且已流标三次的情况，可按照以下步骤处理：
一、分析流标原因
招标文件问题：
- 条款设置不合理：检查招标文件中的资质、业绩要求是否过高，导致符合条件的潜在投标人数量过少。例如，一个小型项目若要求特级资质，可能会限制过多潜在投标人。
- 技术要求不明确：确认招标文件中对项目的技术规格、质量标准等描述是否清晰准确。模糊的技术要求可能使投标人难以理解和响应，从而影响投标积极性。
市场竞争因素：
- 市场饱和度：评估所在行业的市场竞争情况，若市场已趋于饱和，企业参与投标的意愿可能会降低。
- 竞争对手情况：分析是否有强大的竞争对手参与，这可能会让其他潜在投标人望而却步。
投标人自身问题：
- 准备不充分：部分潜在投标人可能因时间紧张、资源有限等原因，未能充分准备投标文件，导致文件质量不高而被淘汰。
- 风险评估失误：投标人对项目的风险评估不准确，认为项目存在较大风险而放弃投标。
二、采取相应措施
修改招标文件：
- 合理调整资质要求：根据项目的实际需求和特点，适当降低不必要的资质门槛，以扩大潜在投标人的范围。
- 明确技术要求：组织专业人员对招标文件中的技术要求进行详细梳理和完善，确保各项技术指标清晰、准确、可衡量。
加强市场调研与推广：
- 深入了解市场动态：通过市场调研，了解行业内的主要竞争对手、潜在投标人的情况和市场需求变化，为制定更合理的招标策略提供依据。
- 加大宣传推广力度：通过多种渠道广泛宣传招标项目，吸引更多的潜在投标人关注。可以利用网络平台、行业媒体、展会等方式发布招标信息。
与财政部门沟通：
- 若采购任务未取消，招标采购单位应向设区的市、自治州以上人民政府财政部门报告流标情况。
- 财政部门将根据招标文件是否合理、招标公告时间及程序是否符合规定等因素，决定是否同意采取竞争性谈判、询价或者单一来源方式来采购。
三、特殊采购方式的应用
竞争性谈判采购：
- 当符合专业条件的供应商或对招标文件作出实质响应的供应商数量不足三家时，谈判小组应对该项目予以废标，并考虑采用竞争性谈判方式。
单一来源采购：
- 若采用单一来源采购方式，采购单位需在开始采购前，将采购理由及有关情况在指定媒体上公示五个工作日，无异议后方可采用。
四、法律后果与风险提示
- 流标后的处理：根据《招标投标法》及相关规定，投标人少于三个的，招标人应当重新招标。若重新招标后投标人仍少于三个，对于必须审批、核准的工程建设项目，需报经原审批、核准部门审批、核准后可以不再进行招标；其他工程建设项目，招标人可自行决定不再进行招标。
- 违规行为的处理：对在招标过程中出现的围标、串标、弄虚作假等违规行为，要依法依规严肃查处，以维护招标市场的正常秩序。
建议：在处理流标问题时，招标单位应全面分析流标原因，采取针对性措施，并与财政部门保持密切沟通，确保招标活动的合法性和有效性。同时，招标单位也应加强自身管理，提高招标文件的质量和透明度，以吸引更多的潜在投标人参与。如果有进一步的法律问题，可以直接向我咨询。