合资协议公司应当留存一份。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律要求与合规性
合同留存的基本要求：
- 根据一般的合同法和公司法原则，合资协议作为股东之间设立公司的法律文件，具有法律效力。公司作为合同的主体之一，应当留存一份合资协议，以备查阅和证明股东之间的权利义务关系。
合规性考虑：
- 留存合资协议有助于公司遵守相关法律法规，如公司法、合同法等。在面临监管检查或法律纠纷时，合资协议可以作为重要的法律文件，证明公司的设立和运营符合法律规定。
二、公司治理与内部管理
股东权利与义务的明确：
- 合资协议详细规定了股东之间的权利义务关系，包括出资比例、利润分配、决策机制等。公司留存一份合资协议，有助于明确股东的权利和义务，避免内部纠纷。
公司决策与运营的依据：
- 在公司运营过程中，合资协议可以作为决策的重要依据。例如，在涉及重大投资、股权转让等事项时，需要依据合资协议的规定进行决策。公司留存合资协议，有助于确保决策的合法性和合规性。
三、风险防范与纠纷解决
风险防范：
- 留存合资协议有助于公司防范潜在的法律风险。例如，在股东之间发生纠纷时，合资协议可以作为解决纠纷的重要依据，避免纠纷的扩大和恶化。
纠纷解决：
- 如果股东之间发生纠纷，且无法通过协商解决，那么合资协议将成为法院或仲裁机构裁决的重要依据。公司留存合资协议，有助于在纠纷解决过程中维护自身的合法权益。
四、实际操作建议
协议签署与留存：
- 在签署合资协议时，建议股东们共同签署多份原件，并分别留存。同时，公司也可以留存一份原件，以便在需要时查阅和使用。
协议更新与保管：
- 随着公司的发展和变化，合资协议可能需要进行更新和修订。在更新和修订后，公司应及时留存新的协议版本，并妥善保管。
结论：合资协议公司应当留存一份，这不仅是法律要求，也是公司治理、内部管理和风险防范的需要。如果您在合资协议的留存或相关法律问题上有任何疑问，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议。