核心结论：与公司合作签订的验资协议建议留存一份，且留存原件或经确认的副本更为稳妥。 以下从法律必要性、风险防范、实务操作三个角度展开说明：

1. 法律必要性：留存协议是履行合同义务的基础依据

根据《民法典》第四百六十五条，依法成立的合同受法律保护，对当事人具有法律约束力。验资协议作为明确双方权利义务（如验资范围、费用、期限、违约责任等）的书面文件，留存原件或副本是证明合同关系存在的直接证据。若后续发生争议（如公司未支付验资费用、验资结果争议等），协议是主张权利或抗辩的核心依据。若未留存，可能因举证不能而承担不利后果。

2. 风险防范：留存协议可应对潜在纠纷

实务中，验资协议可能涉及以下风险：

• 公司方风险：若公司以“未签订协议”为由否认验资服务内容或拒绝付款，留存协议可证明服务已按约定履行；
• 第三方风险：若验资报告被第三方质疑（如股东、债权人），协议可证明验资程序符合约定，降低连带责任风险；
• 内部管理风险：若公司内部人员变动导致合同履行争议，留存协议可避免因人员更替导致的信息断层。

3. 实务操作：留存方式与注意事项

• 留存形式：优先留存协议原件；若原件需交公司，可要求公司出具“收到协议原件”的收据，或留存经双方签字盖章的副本（如扫描件、复印件需与原件核对无误）；
• 保存期限：根据《民法典》第一百八十八条，诉讼时效为3年，但为应对潜在长期风险（如公司破产、股权纠纷等），建议保存至协议履行完毕且无争议后5年以上；
• 关联文件同步留存：与验资相关的付款凭证、验资报告、沟通记录等应与协议一并保存，形成完整证据链。

总结：留存验资协议是保护自身权益的必要措施，建议通过规范留存形式和期限，降低法律风险。若对协议条款或留存方式有疑问，可直接向我咨询具体操作细节。