针对您提出的“职务侵占企业所得税怎么处理”的问题，这是一个涉及刑法与税法交叉领域的复杂问题，我会尽量从多个角度为您详细解答。

首先，需要明确的是，职务侵占是犯罪行为，它主要侵犯了公司的财产权益，而税务处理则有其独立的规则和要求，两者并不直接对应。这意味着，职务侵占的发生并不会改变公司正常的税务处理流程。

接下来，我们分几种情况来讨论职务侵占对企业所得税的影响：

1. 公司正常经营产生的应税行为：

   • 即使公司发生了职务侵占行为，其正常经营产生的应税行为（如货物销售）仍需按照规定缴纳增值税等流转税。这是因为纳税义务是基于公司的经营活动产生的，与职务侵占行为无关。

2. 公司因职务侵占遭受的损失：

   • 如果公司因职务侵占行为遭受了损失，这部分损失在符合规定的情况下，是可以在企业所得税税前扣除的。但需要注意的是，公司必须按照税务规定程序，准备好相关证据（如公安机关立案证明、损失清单等），并经过税务机关审核通过后才能进行扣除。

3. 侵占款项涉及的个人所得税问题：

   • 如果侵占的款项被个人非法占有，并且达到了纳税标准，那么这部分款项就可能涉及个人所得税问题。在这种情况下，一般由个人自行依法申报缴纳个人所得税。

4. 非法收入税款的处理：

   • 对于因职务侵占行为产生的非法收入所缴纳的税款，税务机关通常会依据司法机关的处理结果来操作。如果犯罪行为被认定，相关收入属于违法所得，但已缴纳的税款不会因职务侵占行为本身而退还。这是因为税款缴纳是基于收入产生的，虽然收入来源非法，但纳税行为本身已经履行。

5. 合法应缴税款的处理：

   • 如果该收入本身就应缴纳税款，只是被职务侵占行为不当获取，那么后续司法程序会对款项整体处理，包括追缴非法所得。当侵占款项需返还给被害单位时，涉及的税务问题可以在司法机关的主导下，由双方合法合规协商解决。

举例说明： 假设某公司财务人员小何利用职务之便侵占了公司50万元款项。公司发现后报警，小何被依法逮捕。在案件处理过程中，发现小何用侵占的部分款项缴纳了税款。此时，公司应首先确保所有侵占款项（包括已缴税款对应的部分）都得到返还。对于已缴纳的税款，如果它是基于非法收入产生的，税务机关会根据司法处理结果相应处理，但已缴税款不会因职务侵占本身而退还。如果这部分收入本就应纳税，只是被职务侵占，那么司法程序会整体处理款项，包括追缴非法所得，并在返还公司时考虑税务问题的合法合规处理。

综上所述，职务侵占对企业所得税的处理需要综合考虑多个方面，包括公司正常经营产生的应税行为、因职务侵占遭受的损失、侵占款项涉及的个人所得税问题以及非法收入和合法应缴税款的处理等。在处理这类问题时，建议公司咨询专业的税务和法律人士，以确保税务处理的合法性和合规性。