在通知员工合同到期不再续签，后因医疗期合同延至医疗期结束不再续签的情况下，单位通常需要支付经济补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、医疗期内合同的处理原则
根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同期满时，如果劳动者处于医疗期内，劳动合同应当续延至相应的情形消失时终止，即医疗期结束。这意味着，在医疗期内，单位不得以合同到期为由终止劳动合同，更不得因此拒绝续签。
二、医疗期结束后不续签的法律后果
经济补偿的支付：
- 医疗期结束后，如果单位决定不续签劳动合同，那么根据《劳动合同法》第四十六条的规定，单位应当按照劳动者在本单位工作的年限，向劳动者支付经济补偿。
- 经济补偿的标准为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
违法终止的赔偿：
- 如果单位在医疗期内违法终止劳动合同（即未续延至医疗期结束就终止合同），那么劳动者有权要求单位继续履行合同，或者要求单位按经济补偿标准的二倍支付赔偿金。
三、特殊情况的处理
- 如果员工在医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，那么单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人，或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同，并支付经济补偿。这种情况下，单位不续签劳动合同是合法的，但仍需支付经济补偿。
四、实际操作建议
单位方面：
- 在处理此类问题时，单位应严格遵守《劳动合同法》的相关规定，确保在医疗期内不终止劳动合同，并在医疗期结束后依法支付经济补偿。
- 单位可以与员工进行协商，了解员工的身体状况和就业意愿，以便更好地处理劳动合同的续签或终止问题。
员工方面：
- 如果员工遇到单位在医疗期内违法终止劳动合同的情况，可以及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 员工在医疗期满后，如果无法从事原工作或单位另行安排的工作，应积极与单位沟通，了解单位的处理意见，并依法维护自己的权益。
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