公司被协助执行期间，农民工工资一般是可以发放的，但需分情况讨论。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律优先保障农民工工资权益

• 根据《保障农民工工资支付条例》及相关劳动法规，农民工工资属于优先受偿的债权，即使公司处于被协助执行状态，也应当优先保障农民工工资的支付。
• 法律依据：若协助执行通知未明确禁止支付农民工工资，或法院未将农民工工资纳入冻结范围，公司仍有义务按时足额支付。

2. 协助执行通知的效力范围

• 若协助执行通知未限制工资支付：
  公司可正常发放农民工工资，无需承担法律责任。例如，法院仅要求冻结公司对某债务人的应收账款，但未限制公司其他资金的使用，则工资支付不受影响。
• 若协助执行通知明确限制工资支付：
  需区分情况：
  • 一般债务纠纷：若协助执行通知未特别说明，公司擅自支付工资可能被认定为“擅自处分被冻结财产”，需承担赔偿责任。但实践中，法院通常不会冻结农民工工资专用账户。
  • 恶意逃避债务：若公司通过发放工资转移资产、逃避执行，可能面临罚款、拘留等处罚，甚至构成拒不执行判决、裁定罪。

3. 实践中的操作建议

• 与执行法院沟通：
  公司应主动向执行法院说明情况，提供农民工工资清单及支付必要性证明（如劳动合同、考勤记录等），申请从冻结资金中划拨工资。
• 设立专用账户：
  根据《保障农民工工资支付条例》，公司可开设农民工工资专用账户，专款专用，避免被纳入执行范围。
• 协商分期支付：
  若资金紧张，可与农民工协商分期支付，并签订书面协议，避免纠纷。

4. 典型案例参考

• 湖南长沙案例：
  某国有企业因协助执行通知被冻结工程款，但法院最终认定支付农民工工资不属于“擅自支付”，无需承担赔偿责任。该案例明确：农民工工资支付具有优先性，不受一般协助执行通知的限制。

5. 法律风险提示

• 擅自支付的风险：
  若协助执行通知明确禁止支付工资，公司仍擅自支付的，可能被法院裁定在支付范围内承担赔偿责任。
• 恶意转移资产的风险：
  若公司通过虚构工资名单、超额支付等方式转移资产，可能构成拒不执行判决、裁定罪，面临刑事处罚。

总结建议

1. 优先核实协助执行通知的具体内容，明确是否限制工资支付。
2. 若未限制，正常发放工资，并保留支付凭证。
3. 若限制，立即与法院沟通，申请从冻结资金中划拨工资或设立专用账户。
4. 避免恶意转移资产，确保支付行为合法合规。

如有具体案件或协助执行通知内容，可进一步提供细节，我将为您定制法律方案。