结论：在已收到协助执行通知书（协执）的情况下，是否还能支付农民工工资，需根据协执的具体内容、支付对象及支付时间等因素综合判断。以下分情况详细说明：

一、协执内容明确限制支付农民工工资

1. 若协执明确要求冻结或扣划公司账户资金，且该账户资金包含农民工工资：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，协助执行通知书是法院要求相关单位或个人协助执行生效法律文书的法律文书。若协执明确要求冻结或扣划公司账户资金，且该账户资金包含农民工工资，则公司需遵守协执要求，不得擅自支付。
   • 法律建议：公司应立即停止支付农民工工资，并积极与法院沟通，说明农民工工资的特殊性和支付必要性，争取法院的理解和支持。若法院同意，可按照法院的指示进行支付；若法院不同意，则需等待协执执行完毕后再行支付。
   • 可能后果：若公司擅自支付农民工工资，可能构成拒不执行判决、裁定罪，面临刑事处罚；同时，公司还需承担因擅自支付而产生的民事赔偿责任。

2. 若协执明确要求优先支付农民工工资：

   • 法律背景：虽然协执通常要求冻结或扣划资金，但在某些特殊情况下，法院也可能根据案件实际情况，要求优先支付农民工工资。
   • 法律建议：公司应严格按照协执要求，优先支付农民工工资，并保留好支付凭证，以备法院查验。
   • 可能后果：若公司未按照协执要求优先支付农民工工资，可能面临法院的强制执行措施，如罚款、拘留等。

二、协执内容未明确限制支付农民工工资

1. 若协执仅要求冻结或扣划公司部分账户资金，且该部分资金不包含农民工工资：

   • 法律背景：若协执仅针对公司部分账户资金，且该部分资金不包含农民工工资，则公司仍可正常支付农民工工资。
   • 法律建议：公司应确保支付农民工工资的资金来源与协执冻结或扣划的资金无关，并保留好支付凭证，以备查验。
   • 可能后果：若公司因支付农民工工资而违反协执要求，如使用被冻结或扣划的资金支付，则可能面临法院的强制执行措施。

2. 若协执未明确要求冻结或扣划资金，而是要求其他协助执行事项：

   • 法律背景：协助执行通知书的内容可能因案件而异，不一定都要求冻结或扣划资金。若协执未明确要求冻结或扣划资金，而是要求其他协助执行事项，如提供财产线索、协助调查等，则公司仍可正常支付农民工工资。
   • 法律建议：公司应按照协执要求，积极配合法院执行工作，同时确保农民工工资的正常支付。
   • 可能后果：若公司因未配合法院执行工作而违反协执要求，则可能面临法院的强制执行措施。

三、特殊情况下的处理建议

• 若公司资金紧张，无法同时满足协执要求和农民工工资支付：

  • 法律建议：公司应立即与法院沟通，说明资金紧张情况，并申请法院协调处理。在法院的指导下，公司可以尝试与债权人协商分期还款、延期还款等方案，以缓解资金压力。同时，公司也应积极寻求其他融资渠道，确保农民工工资的正常支付。

• 若农民工工资支付涉及多个项目或多个账户：

  • 法律建议：公司应建立完善的财务管理制度，确保农民工工资支付的资金来源清晰、可追溯。在收到协执后，公司应立即对涉及农民工工资支付的账户进行梳理，确保支付行为符合协执要求。

总结：在已收到协执的情况下，公司能否支付农民工工资需根据协执的具体内容、支付对象及支付时间等因素综合判断。公司应积极与法院沟通，了解协执的具体要求，并严格按照要求执行。若遇到特殊情况或疑问，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。