擅自以农民工工资为由支付协助执行款项是违法的。下面我来详细解释这个问题：
首先，我们要明确“协助执行人”的角色和职责。在司法执行过程中，协助执行人通常是指有义务协助法院执行判决、裁定等法律文书的单位或个人。他们的行为应当严格遵循法律的规定和法院的指示。
接下来，我们分析“以农民工工资为由擅自支付”这一行为的性质。农民工工资是劳动者的合法权益，受到法律的保护。然而，如果协助执行人在没有法院授权或法律依据的情况下，擅自以农民工工资为由支付协助执行款项，这就构成了对法律程序的干扰和对法院权威的挑战。
从法律角度来看，这种行为可能涉及多个违法点：
违反执行程序：协助执行人应当严格按照法院的执行裁定来履行协助义务，擅自支付款项可能破坏执行程序的严肃性和公正性。
侵害农民工权益：如果擅自支付的款项并非真正属于农民工的工资，那么这种行为可能侵害了农民工的合法权益，导致他们无法获得应有的工资报酬。
可能构成犯罪：在某些情况下，擅自支付协助执行款项可能构成拒不执行判决、裁定罪等犯罪行为，需要承担刑事责任。
因此，我强烈建议协助执行人应当严格遵守法律程序和法院指示，不得擅自以任何理由支付协助执行款项。如果面临执行难题或疑问，应当及时与法院沟通并寻求法律帮助。
总之，以农民工工资为由擅自支付协助执行款项是违法的，协助执行人应当谨慎行事，确保自己的行为符合法律规定和法院要求。