结论：合同中约定有质保金但只收到租金时，是否可以开租金发票需分情况讨论，具体如下：

1. 合同履行与发票开具的对应性
   根据《发票管理办法》第十九条，发票的开具应与实际交易内容相符。若合同中明确约定租金与质保金为独立条款，且当前仅发生租金支付义务（如租赁物已交付、租期已开始），则收款方有权仅就实际收到的租金开具发票，无需因合同存在质保金条款而延迟或拒绝开票。但需注意：若合同将质保金作为租金支付的前提条件（如“支付租金前需预留质保金”），则需进一步审查合同履行顺序，避免因开票行为被认定为默认放弃质保金条款。

2. 质保金性质对开票的影响
   质保金通常属于质量担保性质的款项，其支付条件（如质保期届满、无质量问题）与租金支付条件（如租期、使用权限）可能独立存在。若合同未将质保金与租金捆绑支付（如“租金按月支付，质保金于合同终止后30日内支付”），则租金支付与发票开具可独立进行。但若合同约定“租金中包含质保金”（如“总租金100万元，其中5%为质保金”），则需按合同总金额开具发票，并在备注栏注明质保金比例，避免税务风险。

3. 税务合规与风险防范
   从税务角度，发票内容需与实际交易一致。若仅收到租金却开具包含质保金的发票，可能涉嫌虚开发票（如《刑法》第二百零五条规定的“虚开增值税专用发票罪”）。建议操作：

   • 单独就租金部分开具发票，并在合同或补充协议中明确质保金的支付时间、条件及发票开具方式；
     
   • 若合同未明确区分，可与对方协商签订补充协议，明确租金与质保金的独立性，避免后续纠纷。

建议：

• 审查合同条款，确认租金与质保金的支付条件是否独立；
  
• 若合同无明确约定，建议与对方协商补充协议，明确发票开具与款项支付的对应关系；
  
• 保留租金支付凭证、合同履行记录等证据，以备税务或法律争议时使用。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询合同审查、税务合规等法律问题。