施工总承包单位、分包单位未实行劳动用工实名制管理，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责进行处罚。
一. 处罚主体及职责
- 依据《保障农民工工资支付条例》第五十五条规定，对于未实行劳动用工实名制管理的施工总承包单位、分包单位，由人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门按照职责责令限期改正；逾期不改正的，将进一步采取责令项目停工、罚款等措施。
二. 处罚流程
- 立案：通过投诉、举报、上级机关交办、其他机关移送、媒体曝光、安全事故报告、12345热线转件或现场检查等方式发现违法违规行为，对符合立案条件的案件及时立案。
- 调查：执法人员出示执法身份证件，表明执法身份，并依法调查和保存证据，判断违法事实是否存在，违法主体是否正确，是否需要处罚。
- 告知：在作出行政处罚前，应告知当事人作出行政处罚决定的事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的权利。
- 决定：充分听取当事人的意见，对当事人提出的事实、理由和证据进行复核，根据复核结果作出行政处罚决定。
三. 处罚措施
- 逾期不改正的，除责令项目停工外，还将处5万元以上10万元以下的罚款。
- 情节严重的，将给予施工单位限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等更严厉的处罚。
综上所述，施工总承包单位、分包单位未实行劳动用工实名制管理，将面临人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门的处罚。因此，我建议相关单位应严格遵守相关法律法规，实行劳动用工实名制管理，以保障农民工的合法权益，避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。