针对施工单位未落实实名制管理的情况，结合现行法律法规及实务操作，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 行政处罚层面
   根据《保障农民工工资支付条例》第五十五条，若施工单位未实行劳动用工实名制管理，由人社部门责令限期改正；逾期不改正的，可处5万元以上10万元以下罚款。实务建议：行政机关查处时，施工单位需配合提供考勤记录、工资发放凭证等材料，若能及时补建实名制台账并完成整改，可争取从轻或免除处罚。

2. 民事责任层面
   若因未实名制导致工资支付纠纷（如冒领、虚报工时），施工单位可能面临双重风险：

   • 对农民工：需承担举证不能责任，即无法证明实际出勤情况的，法院可能直接采信劳动者主张的工资金额（《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十五条）；
     
   • 对发包方：若因实名制缺失导致工程款结算争议，发包方可依据《民法典》第五百七十七条主张施工单位违约，要求扣除相应款项或赔偿损失。

3. 信用惩戒层面
   根据《建筑工人实名制管理办法（试行）》第十七条，未落实实名制的施工单位将被记入企业信用档案，并通过全国建筑市场监管公共服务平台向社会公布。影响范围：信用评价降低将直接影响企业招投标资格、工程款结算优先级及银行融资授信额度。

4. 刑事风险层面
   若施工单位通过伪造实名制记录逃避支付劳动报酬，且数额达到《刑法》第二百七十六条之一规定的“数额较大”（一般指5000元至3万元以上），可能构成拒不支付劳动报酬罪，直接责任人员可被处三年以下有期徒刑或拘役。

实务操作建议：

• 立即整改：7日内完成实名制系统部署，包括人脸识别、指纹打卡等设备，并同步上传至省级建筑工人管理服务信息平台；
  
• 证据固定：保留整改前后的考勤记录、工资发放表、工人签字确认文件等，形成完整证据链；
  
• 主动报告：向当地住建部门及人社局提交书面整改报告，争取不予处罚或减轻处罚；
  
• 内部追责：对项目负责人、劳务管理员等责任人进行内部处分，避免因管理失职引发连带责任。

若您需要具体操作指引或应对行政调查的方案，可进一步说明项目所在地、未实名制的持续时间等细节，我将结合地方性法规提供针对性建议。