针对您提出的问题，公司要求医院开证明证明休养了三个月，这通常是合理的，但具体处理方式需结合实际情况与法律规定来分析。以下是从不同角度给出的详细解答：

一、公司要求的合理性

1. 核实休养时间：公司要求医院开具证明，主要是为了核实您确实因手术需要休养了三个月。这是公司管理员工病假、确保员工健康状况与工作安排相协调的一种常见方式。

2. 法律依据：虽然《劳动法》和《劳动合同法》并未直接规定员工必须提供医院证明来证实病假时长，但根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业有权了解员工的医疗情况，并据此安排工作。因此，公司要求提供医院证明，并不违反法律规定。

二、您的应对方式

1. 积极配合：如果医院确实有您休养三个月的记录，建议您积极配合公司的要求，前往医院开具相关证明。这有助于维护您与公司的良好关系，并确保您的病假得到合法认可。

2. 沟通协商：如果因特殊原因（如医院系统更新、记录丢失等）无法直接开具证明，您可以与公司进行沟通协商，说明情况并提供其他可接受的证明材料（如病历、诊断书等）。

3. 法律途径：如果公司无理要求或拒绝认可您的合理病假，您可以考虑通过法律途径维护自己的权益。例如，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。

三、可能涉及的法律后果

1. 如果公司无理要求：如果公司没有合理依据而坚持要求您提供无法获取的证明，或者因此拒绝支付您病假期间的工资，这可能构成违法行为。您有权要求公司纠正错误，并可以寻求法律援助。

2. 如果您拒绝提供证明：虽然公司要求提供证明是合理的，但如果您无正当理由拒绝提供，且该证明是确认您病假时长的关键证据，公司可能会根据内部规章制度对您进行处理，如扣除工资、警告甚至解除劳动合同。但请注意，公司的处理必须合法合规，不能违反劳动法律法规的规定。

四、建议与提醒

1. 保留证据：无论您选择哪种方式应对，都建议保留好相关证据，如病历、诊断书、医院证明等。这些证据在后续可能出现的纠纷中将成为关键。

2. 及时沟通：与公司保持及时、有效的沟通是非常重要的。通过沟通，您可以更好地了解公司的要求，并表达自己的立场和需求。

3. 寻求专业帮助：如果您在处理过程中遇到任何法律问题或困惑，建议及时向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供有针对性的法律建议。

综上所述，公司要求医院开证明证明休养了三个月是合理的，但具体处理方式需结合实际情况与法律规定来分析。希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。