结论：公司扣除离职员工星期日工资是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同约定、公司规章制度以及实际工作情况等因素。

分析：

1. 劳动合同约定：

   • 首先，应查看劳动合同中是否有关于工资支付的具体约定，特别是关于离职时工资结算的条款。如果劳动合同中明确规定了离职时工资的计算方式，并且该方式未违反法律法规的强制性规定，那么公司应按照合同约定执行。
   • 若劳动合同中未明确规定离职时工资的计算方式，则需参考公司规章制度或相关法律法规。

2. 公司规章制度：

   • 公司规章制度中可能包含关于工资支付、离职结算等方面的规定。如果公司规章制度合法且已向员工公示或告知，那么公司应按照规章制度执行。
   • 但需注意，公司规章制度不得违反法律法规的强制性规定，否则该部分规定无效。

3. 实际工作情况：

   • 如果员工在离职前的实际工作天数中包含了星期日，且该星期日员工并未实际工作（如休息日），那么公司扣除该日工资可能缺乏合理性。
   • 然而，如果员工在星期日有加班或公司有特别安排导致员工需工作，那么公司扣除该日工资可能涉及其他法律问题，如加班费支付等。

4. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者有权获得与其劳动相应的报酬。公司不得无故克扣或拖欠劳动者工资。
   • 如果公司扣除离职员工星期日工资的行为缺乏合法依据，且违反了法律法规的强制性规定，那么该行为可能构成违法。

建议：

• 如果您认为公司扣除离职员工星期日工资的行为不合法，您可以先与公司进行沟通协商，要求公司按照劳动合同约定或相关法律法规支付工资。
• 如果沟通协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

注意事项：

• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如劳动合同、工资条、考勤记录等，以便在需要时提供证明。
• 同时，由于劳动纠纷涉及的法律问题较为复杂，建议您在处理过程中咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到妥善维护。

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