微信发工资的情况下，劳动者是可以申请劳动仲裁的。关键在于工资支付是否合规，以及劳动者能否提供充分的证据来证明自己的权益受到了侵害。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
可以申请劳动仲裁的情况
未足额支付工资：
- 如果公司通过微信发放的工资数额与双方约定的工资数额不符，且公司无法提供合理的解释或扣除依据，劳动者有权以未足额支付工资为由向劳动仲裁委员会申请仲裁，要求公司补足差额部分。
未按时支付工资：
- 若公司规定的工资发放日期与实际通过微信发放工资的日期不一致，且多次延迟，影响了劳动者的正常生活和财务安排，劳动者可以据此申请仲裁，要求公司按时支付工资，并可能获得相应的经济补偿。
工资支付记录不明或存在争议：
- 当公司通过微信发放工资时，若未明确标注工资构成明细，导致劳动者对工资中的各项内容（如基本工资、加班工资、奖金等）存在疑问，且双方无法协商一致，劳动者有权申请仲裁，要求公司提供详细的工资支付记录和计算依据。
规避劳动监管：
- 若公司为了逃避税务、社保缴纳等监管义务，故意采用微信发工资的方式而不通过正规的银行代发渠道，这种行为违反了相关法律法规。劳动者可以向劳动监察部门举报，并通过仲裁或诉讼途径要求公司纠正违法行为，补缴社保、公积金等费用。
其他违法行为：
- 如公司存在未签劳动合同、未依法缴纳社保等违法行为，即使工资是通过微信发放，劳动者同样有权向劳动仲裁委员会申请仲裁来维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁时需要准备的证据
- 微信聊天记录：要能体现双方存在劳动关系，如入职沟通、工作安排等，证明与用人单位有实际劳动雇佣关系。
- 微信转账记录：记录中需明确发款方为用人单位或其授权人员，且备注有工资字样，能显示工资发放时间、金额等。
- 工作证明材料：像工作证、考勤记录、业务文件等，用以证明在该单位工作及工作内容。
- 劳动合同：若有，可直接证明劳动关系及约定的工资待遇。
- 证人证言：同事的证人证言也可辅助证明劳动关系和工资发放情况。
注意事项
- 证据的真实性、关联性与合法性：劳动者在准备证据时，要确保证据的真实性、关联性与合法性。最好对微信证据进行公证或采用可靠的证据保全方式，以提高证据的证明力。
- 综合多类证据：微信发工资虽可作依据之一，但需综合其他证据维护权益。劳动者应尽可能收集多类证据，形成完整的证据链，以支持自己的仲裁请求。
不可以申请劳动仲裁的情况（仅针对微信发工资形式）
- 如果公司使用微信发工资，且能够确保按时、足额支付，同时支付过程中不存在其他违法违规行为，劳动者仅以微信发工资这一支付形式为由申请仲裁，通常不会得到支持。因为法律并未强制规定公司必须通过特定的方式发放工资，微信发工资本身并不必然构成违法。
建议：劳动者在遇到微信发工资相关问题时，应结合自身实际情况和法律规定，合理判断并采取相应措施来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。