公司将雇佣关系改成合作关系是否违法，不能一概而论，需根据实际情况判断。具体来说：

1. 若以合作形式掩盖劳动关系，逃避法定责任，则违法：

   • 在实践中，有些公司为了规避劳动法的规定，如不缴纳社会保险、不支付加班费等，会试图将雇佣关系伪装成合作关系。这种情况下，即使双方签订了所谓的“合作协议”，但实质上员工仍然接受公司的管理、指挥和监督，从事公司安排的工作，并获取相应的报酬，那么这种关系仍然被视为劳动关系。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者建立劳动关系，应当订立书面劳动合同，并依法缴纳社会保险费等。如果公司试图通过合作协议来逃避这些法定责任，那么这种行为是违法的，可能会面临劳动行政部门的处罚，甚至需要承担相应的法律责任。

2. 若双方确为合作关系，员工享有高度自主权，则合法：

   • 如果双方确实是以合作为基础进行工作，员工享有高度的自主权，如自负盈亏、承受经营风险等，并且双方的权利义务关系不符合劳动关系的特征，那么这种情况下签订的合作协议可能是合法且有效的。
   • 例如，在某些自由职业者或独立承包商的情况下，他们可能与公司签订合作协议，按照协议约定完成特定的工作任务，并获取相应的报酬。这种情况下，双方的关系更接近于合作关系，而不是劳动关系。

法律建议：

• 对于公司而言，应当明确与员工之间的关系性质，并依法签订相应的合同。如果确实是合作关系，应当确保合作协议的内容合法、合规，并明确双方的权利义务关系。如果实际上是劳动关系，则应当依法签订劳动合同，并履行相应的法定责任。
• 对于员工而言，如果对与公司的关系性质存在疑问，可以要求公司明确说明，并查看相关合同条款。如果发现公司试图通过合作协议来逃避法定责任，可以及时向劳动行政部门投诉或寻求法律援助。

可能的法律后果：

• 如果公司违法将雇佣关系改成合作关系，可能会面临劳动行政部门的处罚，如罚款、责令改正等。
• 如果员工因此遭受了损失，如未缴纳社会保险导致的医疗费用无法报销等，公司可能需要承担相应的赔偿责任。

综上所述，公司将雇佣关系改成合作关系是否违法，需要根据实际情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。