当被告人被判实刑，但在判决生效后公安机关执行时发现被告人已死亡，这种情况下的结案方式需依据具体案件情况和相关法律规定来妥善处理。以下是对此问题的详细解答：
一、涉及财产执行的情况
有遗产和继承人：
- 若被告人留有遗产，并且其继承人愿意承担责任，法院会裁定变更被告的继承人成为被执行人，对其遗产予以执行。继承人在继承遗产的范围内需要履行判决确定的义务。
有遗产但继承人放弃继承：
- 如果继承人放弃继承，法院可直接执行被告的遗产，以清偿债务或承担相应的法律责任。
无遗产且无义务承担人：
- 若被告人既无遗产，又没有应当承担义务的人，法院会裁定终结执行程序。因为此时没有可供执行的财产或责任主体，执行程序无法继续进行。
二、涉及特定人身义务的情况
- 若判决涉及被告特定人身义务，如赔礼道歉、恢复名誉等，这些义务具有人身专属性，随被告死亡而消灭。因此，法院会终结执行此类判决。
三、涉及人身关系的情况
- 对于涉及人身关系的案件，如离婚，当婚姻关系的一方当事人死亡时，婚姻关系会自动解除。不过，如果判决中涉及财产分割或其他非人身关系的义务，相关判决依然可以执行。
四、法院的处理原则
- 法院在处理此类案件时，会全面考量案件的实际情况，包括被告人的遗产状况、继承人的意愿、判决的性质等，然后依据相关法律规定和实际状况妥善进行处理。
五、实际操作建议
- 如果您或您的家人遇到此类情况，建议及时与法院沟通，了解案件的具体处理进展和需要配合的事项。
- 同时，可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。
综上所述，当被告人被判实刑但在判决生效后死亡时，结案方式需根据案件的具体情况和相关法律规定来确定。法院会依据实际情况裁定变更被执行人、终结执行程序或执行遗产等，以确保案件的公正处理和法律的正确实施。