针对您提出的“已经移送起诉的案件，监察机关发现事实改变应如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、监察机关与检察机关的职责划分
首先，需要明确的是，监察机关负责调查职务违法和职务犯罪，并将调查结果移送检察机关审查起诉。检察机关则负责根据监察机关移送的案件材料，依照《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定，对被调查人采取强制措施，并作出是否起诉的决定。
二、监察机关发现事实改变的处理方式
退回补充调查：
- 当监察机关在移送起诉后发现案件事实有改变，且认为需要补充调查时，可以主动与检察机关沟通，说明情况。
- 检察机关在审查过程中，如果认为案件事实不清、证据不足，也可以退回监察机关补充调查。此时，监察机关应积极开展补充调查工作，根据补充调查的结果，重新提出处理意见，并移送检察机关审查。
重新提出处理意见：
- 如果在补充调查中发现新的同案犯，或者增加、变更了犯罪事实，且需要追究刑事责任的，监察机关应当重新提出处理意见，并移送检察机关审查。
- 如果犯罪事实的认定出现重大变化，认为不应当追究被调查人刑事责任的，监察机关也应当重新提出处理意见，并将处理结果书面通知检察机关，同时说明理由。
说明理由并移送审查：
- 如果监察机关认为移送起诉的犯罪事实清楚，证据确实、充分，但检察机关在审查过程中提出异议或要求补充调查的，监察机关可以说明理由，并再次移送检察机关依法审查。
三、检察机关的审查与决定
- 检察机关在收到监察机关移送的案件材料后，会依照《中华人民共和国刑事诉讼法》的规定进行审查。
- 如果认为犯罪事实已经查清，证据确实、充分，且依法应当追究刑事责任的，检察机关会作出起诉决定。
- 如果认为需要补充核实的，检察机关会退回监察机关补充调查，必要时也可以自行补充侦查。
四、特殊情况的处理
- 如果监察机关认为检察机关的不起诉决定有错误的，可以在收到不起诉决定书后三十日以内，依法向其上一级人民检察院提请复议。
- 对于涉及被调查人已生效政务处分事实认定的案件，如果检察机关作出不起诉决定或人民法院作出无罪判决，或者监察机关经检察机关退回补充调查后不再移送起诉的，监察机关应当依法对政务处分决定进行审核，并根据审核结果作出相应处理。
五、总结与建议
综上所述，当已经移送起诉的案件中监察机关发现事实改变时，监察机关应主动与检察机关沟通，根据具体情况选择退回补充调查、重新提出处理意见或说明理由并移送审查等方式进行处理。同时，监察机关和检察机关应密切配合，确保案件的公正、公平处理。如果您作为案件相关方，建议及时与监察机关或检察机关沟通，了解案件进展和处理情况。