检察机关以证据发生变化撤回起诉后，当事人可采取以下措施，具体需结合案件阶段和实际情况处理：

1. 审查撤回起诉的合法性
   根据《刑事诉讼法》第177条及《人民检察院刑事诉讼规则》第424条，检察机关撤回起诉需满足法定条件：

   • 证据不足或证据发生变化，导致原指控事实不清、证据不足；
     
   • 存在程序违法（如非法证据排除）或法律适用错误；
     
   • 被告人死亡、丧失诉讼行为能力等法定情形。
     当事人可要求检察机关出具书面撤回起诉决定书，并核实撤回理由是否符合法律规定。若认为撤回违法，可向上级检察院申诉或申请立案监督。

2. 区分案件阶段处理后续程序

   • 一审阶段撤回起诉：
     法院裁定准许后，案件终止审理。若检察机关未重新起诉，当事人可依据《国家赔偿法》第17条申请国家赔偿（如被错误羁押）。
     若检察机关在撤诉后补充证据并重新起诉，当事人需重新准备辩护，重点审查新证据的合法性、关联性及证明力。
     
   • 二审或再审阶段撤回起诉：
     需经法院审查同意，且撤回后不得对同一事实再次起诉（除非发现新证据）。当事人可要求法院出具裁定书，明确撤诉效力及后续权利。

3. 主张权利救济途径

   • 申诉权：若认为撤诉损害合法权益（如超期羁押未获赔偿），可向同级或上级检察院申诉，要求纠正违法撤诉行为。
     
   • 国家赔偿：若撤诉后未获无罪判决，但实际被羁押超过法定期限，可依据《国家赔偿法》第21条向赔偿义务机关（通常为作出逮捕决定的机关）提出赔偿申请。
     
   • 民事赔偿：若撤诉涉及民事侵权（如错误查封财产），可另行提起民事诉讼主张赔偿。

4. 关注证据变化对案件的影响
   若检察机关因关键证据被排除（如刑讯逼供所得供述）或证人翻证而撤诉，当事人应要求复制全部案卷材料，分析证据变化是否彻底动摇指控体系。例如：

   • 若原指控依赖单一物证，且该物证被鉴定为无关，可主张“事实不清、证据不足”的无罪辩护；
     
   • 若证据变化仅涉及量刑情节（如自首情节存疑），需调整辩护策略，聚焦量刑合理性。

行动建议：

1. 立即委托律师查阅案卷，核实撤诉理由及证据变化情况；
   
2. 根据案件阶段，向检察机关或法院提出书面异议，要求说明撤诉合法性；
   
3. 若涉及赔偿或民事纠纷，同步准备赔偿申请或民事起诉材料；
   
4. 持续跟进检察机关是否重新起诉，避免超过追诉时效。
   

（注：具体操作需结合案件细节，建议提供撤诉决定书、起诉书等材料进一步分析。）