两方协议上写的违约金，在符合相关法律规定和双方真实意愿的前提下，通常具有法律效力。不过，其有效性还需结合具体情形来综合判断，以下从不同角度为您详细分析：
有效情形
主体具备相应民事行为能力：
- 根据《中华人民共和国民法典》，签订协议的双方当事人都应具有相应的民事行为能力。完全民事行为能力人（如18周岁以上的成年人）签订的违约金条款才可能有效。若一方为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，其签订的包含违约金条款的协议，通常无效或效力待定。
意思表示真实：
- 双方在约定违约金条款时，必须基于真实意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等不正当手段。若存在此类情形，受影响的一方有权请求撤销该条款。例如，若一方在签订协议时被另一方欺诈，误以为违约金数额合理而签订，事后发现实际损失远低于违约金数额，此时受欺诈方有权请求撤销该违约金条款。
内容合法合规：
- 违约金条款的内容必须符合法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗。例如，不得通过违约金条款限制人身自由或违反其他基本权利。若违约金条款违反法律强制性规定，如约定违约金数额超过法定限额，则该条款无效。
明确性与具体性：
- 违约金条款应明确、具体地规定触发条件、计算方法和数额，以减少执行过程中的争议。例如，明确约定“若一方迟延履行合同义务超过10日，则应向对方支付违约金XX元”。
书面形式：
- 虽然口头协议也可能具有法律效力，但为确保权益的明确性和可追溯性，建议将协议以书面形式固定，并由双方签字确认。书面协议能更清晰地展示双方的真实意愿和违约金条款的具体内容。
可能无效或可调整的情形
违约金过高或过低：
- 若约定的违约金过分高于或低于实际损失，人民法院或仲裁机构可根据当事人的请求予以适当调整。例如，当实际损失仅为10万元，但违约金约定为100万元时，违约方有权请求法院减少违约金数额。法院在调整时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度以及预期利益等因素。
格式条款问题：
- 如果违约金条款是格式条款，且提供方未履行提示或说明义务，导致对方未注意或理解与其有重大利害关系的条款，对方可以主张该条款不成为合同的内容。同时，若格式条款存在不合理地免除或减轻提供方责任、加重对方责任、限制对方主要权利等情形，该条款无效。例如，若一方在格式合同中约定“无论何种原因导致违约，违约方均应支付高额违约金”，且未对另一方进行提示或说明，则该条款可能因违反公平原则而被认定为无效。
争议解决方式
- 在实际操作中，若因违约金条款产生争议，双方可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式来解决。建议优先选择协商和调解，以降低成本和时间消耗；若无法达成一致，则可考虑仲裁或诉讼途径。例如，双方可以约定在发生争议时，先通过友好协商解决；若协商无果，则提交至某仲裁机构进行仲裁；若对仲裁结果不满，再向法院提起诉讼。
法律建议：
- 为确保违约金条款的合理性和合法性，避免未来纠纷，双方在签订协议时应谨慎考虑并充分沟通。可以咨询专业律师，对协议内容进行审查和完善。
- 在约定违约金数额时，应综合考虑实际损失、合同履行情况、当事人过错程度等因素，确保违约金数额既不过高也不过低。
- 若发现对方在签订协议时存在欺诈、胁迫等不正当手段，应及时收集证据并寻求法律救济。
综上所述，两方协议中的违约金条款在符合相关法律规定和双方真实意愿的前提下具有法律效力。但为确保其有效性和可执行性，双方在签订协议时应遵循上述原则和建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。