两方就业协议中的违约金条款具有法律效力，但需满足一定条件。

首先，从法律原则上看，违约金是由双方当事人自愿约定的，并非法律强行规定的内容。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金。这意味着，在两方就业协议中，如果双方明确约定了违约金条款，并且该条款是双方真实意愿的体现，没有欺诈、威胁等导致合同无效的情形，那么该违约金条款就具有法律效力。

其次，关于违约金的金额，它必须合理公正。如果约定的违约金过高，超出了实际损失的范围，那么当事人有权向人民法院或仲裁机构提出申请，请求对违约金进行适度调整。反之，如果违约金过低，无法弥补守约方的实际损失，守约方同样可以提出相应的增额请求。这种调整机制确保了违约金的合理性和公正性，避免了因违约金过高或过低而引发的不公平现象。

此外，违约金条款不得与国家法律法规的强制性规定以及社会公共道德相冲突。如果违约金条款违反了法律法规的强制性规定或违背了社会公德，那么该条款将被视为无效。

在具体案件中，违约金的法律效力还需结合协议内容及履行情况来判断。例如，如果双方在协议中明确约定了违约金的支付方式、支付时间等细节，并且这些约定没有违反法律法规的强制性规定和社会公德，那么该违约金条款在发生违约情况时将具有明确的法律效力。

最后，需要指出的是，违约金和定金是不可以同时适用的。如果双方当事人既约定了违约金，又给付了定金，那么在一方当事人违约后，只能选择其中一种方式进行处理。选择违约金后，就不可以选择定金罚则；选择适用定金罚则后，不再要求适用违约金。

综上所述，两方就业协议中的违约金条款在满足合规性要求的前提下具有法律效力。双方当事人在签订协议时应当明确约定违约金条款，并确保其合理公正、不违反法律法规的强制性规定和社会公德。在发生违约情况时，双方应当按照协议约定和法律规定承担相应的违约责任。