结论是：劳动合同中约定工资3000元，而实际发放工资20000元（主要是提成），这种做法本身并不直接违法，但存在一定法律风险和合规性问题，需要具体分析。以下从不同角度进行详细分析：
一、劳动合同的约定与实际发放不符的法律风险
劳动合同的法定性：
- 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当具备劳动报酬等必备条款。
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额（如3000元），而实际发放的工资远高于此（如20000元），这可能导致劳动合同在形式上存在不真实或误导性的情况。
工资支付的合规性：
- 根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
- 虽然实际发放的工资高于劳动合同约定的工资，但这并不意味着用人单位可以随意变更劳动合同中的工资条款。如果用人单位未与劳动者协商一致就擅自变更工资条款，可能构成违法行为。
二、提成作为工资组成部分的合法性
提成的性质：
- 提成通常属于劳动报酬的一部分，是用人单位根据劳动者的工作业绩或销售业绩等给予的额外奖励。
- 如果提成是劳动者工资的重要组成部分，且双方对此有明确的约定，那么提成作为工资的一部分是合法的。
提成的约定与支付：
- 用人单位与劳动者应当就提成的计算方式、支付时间等事项进行明确约定，并在劳动合同或相关协议中予以体现。
- 如果提成约定不明确或存在争议，可能导致劳动者与用人单位之间产生纠纷。
三、法律建议与合规性措施
完善劳动合同条款：
- 用人单位在与劳动者签订劳动合同时，应当明确约定工资构成（包括基本工资、提成等）及其计算方式、支付时间等事项。
- 如果实际发放的工资与劳动合同约定的工资存在差异，应当及时与劳动者协商一致并签订补充协议。
保留相关证据：
- 用人单位应当保留与劳动者工资支付相关的证据（如工资条、银行转账记录等），以备在发生纠纷时作为证明。
遵守法律法规：
- 用人单位在支付工资时应当遵守相关法律法规的规定，确保工资支付的合法性和合规性。
如果有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。