结论前置：

1. 若公司规章制度或劳动合同中明确规定了每月三天免费病假且不扣工资，则不应扣除。
2. 若公司规章制度或劳动合同中未规定此项福利，或规定病假期间需按一定比例扣减工资，则公司有权按照规定执行。

详细分析：

首先，我们需要明确的是，员工休长期病假时，其工资福利的处理方式主要取决于公司的规章制度以及双方签订的劳动合同中的相关约定。

一、公司规章制度或劳动合同中有明确规定

如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了员工每月享有三天免费病假，且在这三天内不扣减工资，那么公司应当遵守这一规定，不得随意扣除员工的工资。这是因为，公司的规章制度和劳动合同是约束双方行为的重要依据，一旦规定明确，双方都应当遵守。

二、公司规章制度或劳动合同中未规定或规定不明确

1. 未规定免费病假：如果公司的规章制度或劳动合同中并未提及每月三天免费病假的事项，那么员工休病假期间的工资处理方式就需要参照国家的相关法律法规以及公司的常规做法。在这种情况下，公司可能会根据员工休病假的时长、病情严重程度等因素，按照一定比例扣减员工的工资。

2. 规定病假期间需扣减工资：如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了病假期间需按一定比例扣减工资，那么公司就有权按照这一规定执行。员工在签订劳动合同时，应当仔细阅读合同条款，了解自己的权利和义务，避免因为不了解合同内容而产生纠纷。

三、法律建议

1. 对于员工：在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资福利、病假处理等方面的规定。如果对合同内容有疑问或不明确的地方，应当及时向公司或专业律师咨询，确保自己的权益得到保障。

2. 对于公司：在制定规章制度和签订劳动合同时，应当明确、具体地规定员工的工资福利、病假处理等事项，避免因为规定不明确而产生纠纷。同时，公司也应当遵守国家的相关法律法规，确保员工的合法权益得到保障。

四、可能的法律后果

如果公司违反规章制度或劳动合同中的规定，随意扣除员工的工资，员工有权向劳动争议调解委员会申请调解，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁结果对员工有利，公司还需要承担相应的法律责任，包括补发工资、支付赔偿金等。

综上所述，员工休长期病假时，其每月三天免费病假是否需要扣除，主要取决于公司的规章制度以及双方签订的劳动合同中的相关约定。如果有任何疑问或不明确的地方，建议直接向我咨询，以确保自己的权益得到保障。