公司规定长休要提交离职申请是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：

法律角度

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有休息休假的权利，且用人单位不得随意解除劳动合同。长休，无论是病假、年假还是其他形式的休假，都是劳动者依法享有的权利。公司要求员工在长休时提交离职申请，实际上是在变相剥夺劳动者的休假权利，并试图通过这种方式迫使劳动者主动离职，从而避免支付经济补偿等法定责任。这种行为明显违反了劳动合同法的规定。

实际操作角度

从实际操作的角度来看，公司规定长休要提交离职申请也是不合理的。长休是劳动者因个人原因（如疾病、家庭事务等）需要暂时离开工作岗位的情况，与离职是两个完全不同的概念。要求劳动者在长休时提交离职申请，不仅无法解决劳动者长休期间的工作安排问题，反而可能引发劳动纠纷，给公司带来不必要的法律风险和声誉损失。

劳动者权益保护角度

作为劳动者，您有权依法享受休假权利，并有权拒绝公司的不合理要求。如果公司坚持要求您在长休时提交离职申请，您可以向公司提出异议，并保留相关证据（如公司规定、邮件通知等）。如果公司因此解除与您的劳动合同，您可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付经济补偿等法定责任。

建议与措施

1. 与公司沟通：首先，您可以尝试与公司进行沟通，明确表达您的立场和诉求，要求公司撤销不合理规定。
2. 保留证据：无论沟通结果如何，您都应保留好相关证据，以备不时之需。
3. 寻求法律援助：如果公司坚持不合理要求，或者因此解除与您的劳动合同，您可以及时寻求法律援助，维护自己的合法权益。

公司规定长休要提交离职申请是不合法的，也是不合理的。作为劳动者，您应坚决维护自己的合法权益，拒绝公司的不合理要求。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。