结论：单位先承担个人部分费用，后续再从已发工资中补交的做法，其合法性需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但特定情形下可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下不合法
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位无权擅自改变工资的性质或用途。
操作分析：
- 如果单位先承担个人部分费用（如社保个人部分、个人所得税等），但后续又从已发工资中补交，这实际上构成了对劳动者工资的克扣。因为工资一旦发放给劳动者，就成为了劳动者的个人财产，用人单位无权再要求劳动者返还或补交。
法律后果：
- 用人单位若擅自克扣劳动者工资，劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位补发工资并支付相应的赔偿金。同时，用人单位还可能面临劳动行政部门的处罚。
二、特定情形下可能合法
双方约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同或相关协议中明确约定了此种操作方式（如单位先垫付个人部分费用，后续从工资中扣除），且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种操作方式可能是合法的。但需要注意的是，这种约定必须是在劳动者自愿、平等、协商一致的基础上达成的。
法定情形：
- 在某些特定情形下，如劳动者因个人原因导致单位需要承担额外费用（如劳动者违反公司规定造成损失），且双方有明确约定或法律法规有明确规定的情况下，单位可能从劳动者工资中扣除相应费用。但这种情况下的扣除必须严格遵守法律法规的规定，且扣除的金额不得超过劳动者当月工资的20%（若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付）。
三、建议与风险提示
对于劳动者：
- 如果遇到单位先承担个人部分费用，后续又从已发工资中补交的情况，应首先查看劳动合同或相关协议中是否有相关约定。若无约定或约定违法，劳动者有权拒绝并投诉至劳动监察部门。
- 劳动者应保留好相关证据（如工资条、银行转账记录等），以便在维权时提供有力支持。
对于用人单位：
- 用人单位应严格遵守法律法规的规定，按时足额支付劳动者工资，不得擅自克扣或补交。
- 如果确实需要劳动者承担部分费用（如社保个人部分），应在劳动合同或相关协议中明确约定，并确保约定内容合法合规。
- 用人单位应建立健全的财务管理制度，确保工资发放的准确性和合法性。
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