经济补偿金公司发放时备注是合法的。但需要注意的是，备注的内容应当真实、合法，且与发放的经济补偿金相关。以下是对此问题的详细分析：
一. 经济补偿金发放的法律基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十六条的规定，用人单位在特定情形下应当向劳动者支付经济补偿金。这些情形包括但不限于：劳动者依照法律规定解除劳动合同的、用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的、用人单位因法定原因解除劳动合同的等。经济补偿金的支付标准则根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
二. 关于发放时备注的合法性
真实性与合法性：公司发放经济补偿金时，备注的内容应当真实反映该笔款项的性质和用途，即经济补偿金。同时，备注的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得损害劳动者的合法权益。
明确性与关联性：备注应当清晰明确，能够让人一目了然地了解该笔款项的性质和用途。此外，备注的内容应当与发放的经济补偿金具有直接关联性，避免引起不必要的误解或争议。
三. 实践中的操作建议
在实际操作中，公司发放经济补偿金时，可以在转账凭证或相关文件中明确标注“经济补偿金”及其具体数额、发放依据等信息。这样做不仅有助于明确款项的性质和用途，还能够增强劳动者的信任感和满意度。
我的观点是，公司在发放经济补偿金时备注是合法的，但应确保备注内容的真实、合法、明确和关联性。同时，公司还应当严格遵守相关法律法规的规定，确保经济补偿金的支付符合法定标准和程序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。