关于“扣发研究生补贴是否违法”的问题，这需要从多个角度来分析，因为是否违法取决于扣发补贴的具体原因、程序以及是否符合相关法律法规和政策规定。
首先，我们要明确的是，研究生补贴的发放通常遵循一定的规章制度，这些制度可能由学校、教育部门或相关政府机构制定。如果扣发补贴的行为违反了这些规章制度，那么这种行为就可能是不合法的。
规章制度依据：
- 研究生补贴的发放往往与学生的学业表现、科研成果或经济状况等挂钩。如果扣发补贴是因为学生未达到补贴发放的条件（如未完成学业要求、科研成果不达标等），并且这一条件在规章制度中有明确规定，那么扣发补贴可能是合法的。
- 然而，如果扣发补贴没有合理的依据，或者依据的规章制度本身存在违法或不合理之处，那么扣发行为就可能是违法的。
程序合法性：
- 扣发补贴的程序也必须合法。例如，学校或相关部门在扣发补贴前，应当通知学生并说明扣发的原因和依据，给予学生申诉的机会。如果程序不合法，如未经通知或未说明原因就擅自扣发，那么这种行为就可能是违法的。
法律法规和政策规定：
- 研究生补贴的发放还受到相关法律法规和政策规定的约束。如果扣发补贴的行为违反了这些法律法规或政策规定，如未经批准擅自扣发、扣发金额超过规定限额等，那么这种行为就是违法的。
具体案例分析：
- 从您提供的参考信息中，我们可以看到一些关于违规发放津贴、补贴的案例，但这些案例主要关注的是违规发放而非扣发。不过，它们揭示了津贴、补贴发放的严格性和规范性，暗示了扣发行为同样需要遵循严格的程序和规定。
- 在实际案例中，如果扣发研究生补贴的行为被认定为违反工作纪律或国家法律法规（如因工作态度不认真、责任心不强导致错误扣发），那么相关责任人员可能会受到纪律处分或法律追究。
结论：
扣发研究生补贴是否违法，取决于扣发的原因、程序以及是否符合相关法律法规和政策规定。如果扣发行为有合理的依据、遵循了合法的程序，并且符合相关法律法规和政策规定，那么这种行为就是合法的。反之，如果扣发行为没有合理的依据、程序不合法，或者违反了相关法律法规和政策规定，那么这种行为就是违法的。
因此，如果您或您身边的人遇到了扣发研究生补贴的情况，建议首先了解扣发的原因和依据，然后咨询学校或相关部门了解相关规章制度和政策规定，必要时可以寻求法律援助或向相关部门投诉。