辞职时用人单位扣除补贴是否违法，主要取决于补贴的性质、劳动合同或公司规定的内容，以及这些规定是否合法合理。 以下是对此问题的详细分析：
属于工资组成部分的补贴
- 补贴性质：根据国家统计局《关于工资总额组成的规定》，补贴是工资总额的一部分，用于补偿职工特殊或额外的劳动消耗和因其他特殊原因支付给职工的津贴。
- 法律规定：依据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。因此，如果补贴被认定为工资的一部分，用人单位在员工辞职时扣除补贴是违法的。
- 实例说明：如高温补贴，是为保障企业职工在劳动生产过程中的安全和身体健康而发放的具有工资性质的补贴。若劳动者符合领取条件，企业在其辞职时扣除该补贴，即构成违法行为。
与特定服务期限或工作成果挂钩的补贴
- 补贴性质：这类补贴是用人单位基于员工在一定期限内提供服务或完成特定工作成果而给予的额外奖励性质的补贴。
- 合同约定：如果双方在劳动合同、协议或规章制度中明确约定，员工未达到相应条件（如未工作满一定期限）就辞职，用人单位有权扣除补贴，那么这种扣除通常是合法的。这类似于附条件的赠与或激励机制。
- 合法性要求：用人单位的相关约定不能违反法律法规的强制性规定，且应当做到公平合理、明确告知员工。若约定本身不合法，如为了限制员工辞职而设，则用人单位不能随意扣除补贴。
综合判断与建议：
- 查看合同与公司规定：在判断辞职时用人单位扣除补贴是否合法时，首先应查看劳动合同和公司规定中的相关条款。
- 维护合法权益：如果用人单位存在违法扣除补贴的行为，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能面临加付赔偿金等处罚。
可能涉及的法律后果：
- 如果用人单位违法扣除补贴，除了需要支付被扣除的补贴外，还可能面临劳动保障行政部门的处罚，包括责令限期支付、加付赔偿金等。
- 在极端情况下，如果用人单位的行为构成恶意拖欠工资，还可能触犯《中华人民共和国刑法》的相关规定，面临刑事处罚。
综上所述，辞职时用人单位扣除补贴是否违法需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的权益和义务，在遭遇违法扣除补贴时，及时采取措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。