结论：离职单纸质版提交而电子版未提交，是否算作已提交离职申请，需结合公司规定、双方约定及实际行为综合判断。以下分情况说明：

1. 公司有明确规定要求电子版提交

若公司规章制度、劳动合同或离职流程中明确要求员工需同时提交纸质版和电子版离职申请（例如通过OA系统提交），则仅提交纸质版可能不视为完成离职手续。此时，公司有权要求员工补交电子版，否则可能以“未按规定流程提交”为由暂缓办理离职。
法律依据：根据《劳动合同法》第37条，劳动者提前30日书面通知用人单位可解除劳动合同，但“书面”形式需符合公司合理要求。若公司已通过合法程序告知员工需双版本提交，员工未遵守可能构成程序瑕疵。

2. 公司无明确规定，仅要求“书面”形式

若公司仅规定需提交“书面”离职申请，未明确要求电子版，则纸质版已满足法定形式要求。此时，电子版未提交不影响离职申请的效力，公司应依法办理离职手续。
法律依据：根据《民法典》第469条，书面形式包括纸质文件、电子数据等，但法律未强制要求同时使用两种形式。只要纸质版具备离职意思表示（如签名、日期），即视为有效。

3. 双方存在口头或默认约定

若公司长期通过电子系统处理离职流程（如员工此前离职均提交电子版），或HR口头要求提交电子版，员工未提交可能被认定为未完全履行义务。此时需结合证据判断：

• 若公司能证明员工知晓电子版提交要求（如邮件、聊天记录），员工可能需承担补交责任；
  
• 若无证据，则以实际提交的纸质版为准。

4. 实际行为已表明离职意愿

若员工已通过纸质版明确表达离职意愿（如写明离职日期、原因），且公司已接收并开始办理交接，即使电子版未提交，离职申请仍有效。此时公司不得以“未提交电子版”为由拒绝办理离职或克扣工资。

建议

1. 核查公司规定：优先查看员工手册、劳动合同或离职流程说明，确认是否要求电子版提交；
   
2. 保留证据：若已提交纸质版，建议拍照或复印留存，并记录提交时间、接收人；
   
3. 主动沟通：若公司以未提交电子版为由拖延，可书面要求公司明确依据，并保留沟通记录；
   
4. 法律救济：若公司因此拒办离职或克扣待遇，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

总结：是否算作已提交需结合具体情境，但纸质版通常具备法律效力。若公司无明确要求，无需因未提交电子版而担忧；若有要求，建议及时补交以避免纠纷。如有进一步疑问，可直接向我咨询。