在虚开增值税专用发票案件中，关于“司法机关已掌握主要犯罪事实”的认定，核心结论如下：

核心前提

案件处于刑事诉讼阶段（侦查、审查起诉或审判），司法机关通过证据链证明行为人实施了虚开增值税专用发票的核心行为，且达到刑事立案标准。

具体认定标准（分情况说明）

1. 证据充分性角度

   • 已掌握主要犯罪事实：司法机关通过书证（如虚开的发票、合同、资金流水）、证人证言（如上下游企业人员、中间人）、被告人供述等证据，能证明行为人存在“无真实交易虚开”“为他人虚开”“介绍他人虚开”等行为，且虚开税款数额达到法定标准（如虚开税款数额10万元以上或造成国家税款损失5万元以上）。
     
   • 示例：若行为人承认虚开事实，且有银行转账记录显示资金回流（证明无真实交易），同时上下游企业确认未发生实际业务，则可认定司法机关已掌握主要犯罪事实。

2. 行为性质角度

   • 主观故意明确：证据能证明行为人明知无真实交易仍虚开发票（如通过聊天记录、邮件等显示其主观意图），或通过客观行为推定故意（如虚开金额巨大、多次虚开）。
     
   • 客观行为完整：证据覆盖虚开的完整链条，包括开票方、受票方、资金流向等关键环节，形成闭环证据链。

3. 法律程序角度

   • 立案标准：根据《刑事诉讼法》及《关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（二）》，虚开税款数额达到追诉标准（如10万元以上）或造成国家税款损失达到5万元以上，即可认定“主要犯罪事实”已掌握。
     
   • 强制措施依据：若司法机关已掌握主要犯罪事实，可能对行为人采取刑事拘留、逮捕等强制措施。

实务建议

• 行为人角度：若已被司法机关掌握主要犯罪事实，建议尽快委托律师介入，分析证据漏洞（如资金流向是否真实、主观故意是否充分），争取从轻情节（如自首、立功、补缴税款）。
  
• 企业角度：若涉及单位犯罪，需核查企业内部合规制度，证明虚开行为系个人行为而非单位意志，避免企业被追责。

如有具体案件细节或证据材料，可进一步向我咨询，我将结合证据链和法律条文为您详细分析。