在虚开增值税专用发票罪的案件中，须重点查明以下事项：

1. 行为主体是否适格
   需确认涉案主体是否具备开具或接受增值税专用发票的法定资格。例如，是否为一般纳税人、是否在税务机关登记备案等。若主体不适格（如小规模纳税人虚开），可能直接影响罪名成立。

2. 行为是否构成“虚开”
   需查实是否存在以下情形之一：

   • 无实际交易而开具发票（如虚构交易、资金回流）；
     
   • 有实际交易但开具与实际不符的发票（如金额、数量、税率等与实际不符）；
     
   • 让他人为自己虚开、介绍他人虚开等。
     关键点：需结合合同、资金流、物流等证据综合判断交易真实性。

3. 主观故意是否明确
   需证明行为人是否存在故意虚开以骗取税款的目的。例如：

   • 是否明知无真实交易仍开具发票；
     
   • 是否通过虚开获取非法利益（如抵扣税款、套取财政补贴）；
     
   • 是否存在共同犯罪中的分工与合谋。
     注意：若行为人因疏忽或过失导致发票内容错误，一般不构成此罪。

4. 税款损失数额的认定
   需查清虚开发票导致的国家税款损失金额，这是量刑的重要依据。包括：

   • 已实际抵扣的税款；
     
   • 因虚开导致无法追缴的税款；
     
   • 虚开行为对税收征管秩序的破坏程度。
     参考标准：根据《刑法》及司法解释，税款损失数额较大（5万元以上）、巨大（50万元以上）、特别巨大（250万元以上）对应不同量刑档次。

5. 是否存在从轻或减轻情节
   需调查行为人是否存在以下情形：

   • 自首、立功；
     
   • 认罪认罚、积极退赃；
     
   • 虚开行为未造成实际税款损失（如未抵扣）；
     
   • 主观恶性较小（如受胁迫参与）。
     影响：这些情节可能影响最终量刑，甚至决定是否适用缓刑。

6. 程序合法性审查
   需确认侦查机关取证程序是否合法，例如：

   • 搜查、扣押、鉴定等程序是否符合刑事诉讼法规定；
     
   • 电子数据、书证的提取是否完整、真实；
     
   • 证人证言、被告人供述的收集是否合法。
     意义：若程序违法，相关证据可能被排除，影响案件定性。

总结：虚开增值税专用发票罪的认定需从主体、行为、主观、数额、情节、程序等多维度综合审查。若您或您身边的人涉及此类案件，建议提供具体案情（如交易模式、发票金额、资金流向等），以便进一步分析法律风险及应对策略。