请假扣加班时间的工资，这一做法是否合理，需分情况讨论：
若公司政策或劳动合同中有明确规定：
- 有些公司可能会在员工手册或劳动合同中明确规定，员工在请假期间，其加班工资可能会受到一定影响，比如按照一定比例扣除。这种情况下，如果员工在入职时已经知晓并同意了这一规定，那么公司扣除加班工资的行为可能是基于双方事先的约定，从合同法的角度来看，这种扣除是有一定合理性的。但需要注意的是，这种约定不能违反法律法规的强制性规定，比如不能低于最低工资标准等。
若公司政策或劳动合同中无明确规定，且无法律依据：
- 根据我国《劳动法》和《工资支付暂行规定》，员工的加班费用属于其依法应得的劳动报酬的组成部分，应按时足额发放。若公司在员工请假期间擅自扣除其加班费用，且没有明确的法律依据或双方事先达成共识的合同条款作为支撑，那么这种行为是不合理的，甚至可能构成对员工合法权益的侵犯。在这种情况下，员工有权与公司进行有效沟通，要求公司补发被扣除的加班工资；如果沟通无果，员工还可以寻求劳动仲裁等途径来捍卫自身的合法权益。
法律背景与建议：
- 法律背景：我国《劳动法》第四十四条明确规定了加班工资的支付标准，即安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这些规定旨在保护劳动者的合法权益，确保劳动者在加班时能够获得相应的报酬。
- 建议：对于员工而言，如果发现公司在请假期间扣除了加班工资，首先应查看公司政策或劳动合同中是否有相关规定。如果没有相关规定，或者规定违反了法律法规的强制性规定，那么员工有权要求公司补发被扣除的加班工资。如果公司拒绝补发，员工可以向当地劳动行政部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司擅自扣除员工的加班工资，且无法提供合理的解释或法律依据，那么公司可能会面临劳动行政部门的处罚，比如被责令补发工资、支付赔偿金等。同时，公司还可能因此失去员工的信任，影响公司的声誉和员工的工作积极性。
综上所述，请假扣加班时间的工资是否合理，需根据具体情况来判断。如果公司政策或劳动合同中有明确规定，且不违反法律法规的强制性规定，那么这种扣除可能是合理的；否则，这种扣除是不合理的，员工有权要求公司补发被扣除的加班工资。