结论：合同中约定一周休息一天，但实际休息两天，这一情况本身通常不会直接产生法律上的不利影响，但可能涉及合同变更、工资计算及潜在纠纷风险等问题，需根据具体情况分析。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合同变更与履行角度

• 合同变更：若双方在实际履行过程中，均同意并实际执行了一周休息两天的制度，且未对此产生异议，这可以视为双方对原合同中休息时间条款的变更。根据《民法典》的相关规定，合同双方可以通过协商一致的方式变更合同内容。因此，在这种情况下，实际休息两天并不违反法律规定，也不会对双方产生不利影响。
• 合同履行：如果仅是单方面（如员工）实际休息两天，而雇主并未同意或未在合同中明确变更休息时间，这可能构成对合同条款的违反。然而，从实际操作层面看，如果雇主对此并未提出异议，且继续支付工资，那么这种违反合同的行为可能并未对雇主造成实际损失，因此通常不会引发严重的法律后果。

2. 工资计算与支付角度

• 工资计算：休息时间的增加可能会影响到工资的计算，特别是如果休息时间被视为无薪休假或调休。然而，在实际操作中，如果雇主并未因此减少员工的工资支付，那么这种增加休息时间的行为通常不会对员工产生不利影响。
• 支付义务：雇主有义务按照合同约定支付员工工资。如果实际休息时间增加，但雇主仍然按照原合同约定的工资标准支付，且员工也接受了这一支付，那么这可以视为双方对工资支付方式的默认变更。

3. 潜在纠纷风险角度

• 纠纷风险：尽管目前实际休息两天并未引发问题，但未来如果双方因其他原因产生纠纷，这一实际履行情况可能成为争议点。例如，如果雇主后来主张员工违反了合同约定，要求员工承担违约责任，那么员工可能需要证明双方已经通过实际履行变更了合同条款。
• 证据保留：为了避免未来可能出现的纠纷，建议双方保留相关证据，如工作记录、工资支付凭证、沟通记录等，以证明双方对休息时间变更的认可和实际履行情况。

4. 法律建议

• 明确变更：为了避免未来可能出现的纠纷，建议双方通过书面形式明确变更合同中的休息时间条款，并签字确认。
• 遵守规定：无论休息时间如何变更，双方都应遵守国家关于工作时间和休息休假的法律规定，确保员工的合法权益得到保障。

总结与建议：合同中约定一周休息一天，但实际休息两天，这一情况本身通常不会直接产生法律上的不利影响。然而，为了避免未来可能出现的纠纷，建议双方通过书面形式明确变更合同条款，并保留相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。