结论：公司人员证件在系统里但人员没有上班，是否签订劳务合同以及是否合法，需分情况讨论。
一、是否签订劳务合同
若已签订劳务合同：
- 劳务合同是双方约定劳务关系的法律文件，即使人员未实际上班，只要合同已签订且未解除，双方仍受合同约束。但长期不上班可能构成违约，公司有权依据合同条款或法律规定处理。
若未签订劳务合同：
- 未签订劳务合同而人员证件在系统里，可能表明公司有录用意向但未完成手续，或存在管理疏漏。此时，双方未形成法律上的劳务关系，但公司可能面临管理风险和法律责任，如未及时办理离职手续可能导致的社保、公积金等费用缴纳问题。
二、是否合法
从公司管理角度：
- 公司应建立完善的员工管理制度，包括入职、离职、考勤等。若人员证件在系统里但未上班，且公司未采取任何措施（如通知上班、解除合同等），可能表明公司管理存在疏漏，不符合规范管理要求。
- 若公司已采取合理措施（如通知上班、解除合同等），但人员仍未上班，则公司行为合法，且有权依据合同或法律规定处理。
从法律角度：
- 若人员未上班构成旷工：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，旷工达到一定天数，公司有权解除劳动合同，且无需支付经济补偿。但公司需确保解除程序合法，如提前通知、听取员工意见等。
- 若人员未上班有合理原因（如病假、事假等）：公司应依据内部规章制度和法律规定处理。若公司未批准假期而人员未上班，可能构成违法解除或未提供劳动条件，公司需承担相应法律责任。
- 若公司未与人员签订劳动合同而人员未上班：公司可能面临未签订劳动合同的双倍工资赔偿风险（根据《中华人民共和国劳动合同法》第八十二条），以及未及时办理离职手续可能导致的其他法律责任。
三、建议
对于公司：
- 完善员工管理制度，明确入职、离职、考勤等流程。
- 及时与未上班人员沟通，了解原因并采取相应措施。
- 若决定解除合同，确保解除程序合法，避免法律风险。
对于个人：
- 若因合理原因未上班，及时与公司沟通并提交相关证明。
- 若公司未签订劳动合同或未支付工资等，可依据法律规定维护自身权益。
有问题可以直接向我咨询，作为专业律师，我将根据您的具体情况提供更详细的法律建议。