公司主张员工自行离职，需承担相应举证责任，应提供能证明员工主动表达离职意愿的证据，具体如下：
一、直接证据
- 辞职信、离职申请等书面材料：这是最直接且有力的证据，应明确体现员工主动离职的意愿，且最好有员工的亲笔签名和日期。
- 有员工明确表达离职想法的聊天记录、录音等：若员工通过邮件、短信、微信等电子方式或口头方式表达了离职意愿，并留下了相关记录，这些记录也可作为证据。但需注意，口头表达的录音需确保合法性，不得侵犯他人隐私或违反法律规定。
二、间接证据（辅助证明）
- 工作交接单：若员工在离职前进行了工作交接，并签署了工作交接单，这也可间接证明员工有离职的打算。
- 考勤记录异常：如员工在提出离职前的一段时间内，考勤记录出现异常（如频繁迟到、早退或旷工），这可能暗示员工已有离职意向。但需注意，考勤记录异常并不能直接证明员工主动离职，需结合其他证据综合判断。
- 同事证言：来自共同工作的同事的陈述，若能证明员工曾表达过离职意愿或已在进行离职准备，也可作为辅助证据。但需确保证人愿意出庭作证，并提前与其沟通好证言内容。
三、公司需排除的逼迫离职情形
若员工无上述主动离职的意思表示，公司需考察自身有无通过降薪、调岗等不合理手段变相逼迫员工离开。若有此类情形，即便公司称员工自行离职也难以成立。此时，员工可收集自己正常工作、无离职意向的证据，如考勤记录、工作成果、与上级或人力资源部门的正常沟通记录等，以证明公司存在逼迫离职的行为。
四、法律后果及建议
- 若公司无法充分举证员工自行离职：而员工又能证明公司存在违法解除劳动关系行为（如逼迫离职、无正当理由辞退等），员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的标准通常为经济补偿金的二倍，经济补偿金则根据员工的工作年限和月工资计算。
- 建议：对于公司而言，在主张员工自行离职时，务必确保有充分的证据支持。对于员工而言，若公司称其自行离职但员工并不认可，员工应及时收集相关证据以维护自身权益。如有必要，可寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决纠纷。
举例说明：假设某公司称员工A自行离职，但员工A否认并称是被公司逼迫离职。此时，公司需提供员工A的辞职信或离职申请等书面材料作为证据。若公司无法提供，而员工A能提供考勤记录显示其一直正常出勤、工作成果显示其一直在履行工作职责、以及与上级或人力资源部门的沟通记录显示公司存在降薪或调岗等不合理行为，则员工A的主张更有可能得到支持。