企业失信，自然资源部门不给办理矿权，这一行为是否合法，需结合具体情况来判断，但通常情况下，若企业失信行为违反了相关法律法规或行政规定，自然资源部门有权不予办理矿权相关手续。以下从不同角度为您详细分析：

1. 法律法规依据

• 失信惩戒机制：根据《企业信息公示暂行条例》以及相关失信联合惩戒制度，企业若存在严重失信行为，如未履行生效法律文书确定的义务、存在重大税收违法案件等，将被列入失信被执行人名单或相关失信主体名单。在此情况下，政府部门有权根据法律法规对失信企业采取限制措施，包括但不限于限制参与政府采购、限制取得政府供应土地、限制出境等。
• 矿权办理规定：在矿权办理方面，自然资源部门需依据《矿产资源法》、《矿产资源开采登记管理办法》等法律法规进行审批。若企业失信行为直接关联到矿权申请的合法性、合规性，或企业存在未履行环保、安全等法定义务的情况，自然资源部门有权拒绝办理矿权相关手续。

2. 失信行为与矿权办理的关系

• 直接关联：若企业的失信行为直接涉及矿权申请、开采、环保、安全等方面，如未按规定缴纳矿产资源补偿费、存在非法采矿行为等，自然资源部门将依据相关法律法规不予办理矿权手续。
• 间接关联：若企业的失信行为虽不直接涉及矿权，但反映了企业整体信用状况不佳，如存在多起未执行法院判决、欠缴税款等情况，自然资源部门在审批矿权时，可能会综合考虑企业的信用状况，从而作出不予办理的决定。但这种情况需依据具体的地方性法规或部门规章来判定。

3. 合法性与合理性分析

• 合法性：从法律层面看，若自然资源部门的决定有明确的法律法规依据，且程序合法，那么其不予办理矿权的行为是合法的。
• 合理性：从合理性角度考虑，自然资源部门在审批矿权时，除了考虑法律法规的硬性要求外，还会考虑企业的信用状况、履约能力等因素。一个失信企业可能无法有效履行矿权开采、环保、安全等方面的义务，因此，自然资源部门拒绝为其办理矿权手续，也是出于保护公共利益、维护市场秩序的考虑。

4. 建议与应对措施

• 企业自查：企业应首先自查是否存在失信行为，并尽快采取措施进行整改，如履行生效法律文书确定的义务、缴纳欠缴税款等。
• 沟通协商：若企业认为自然资源部门的决定存在误解或不当之处，可主动与自然资源部门进行沟通协商，提供相关证据材料，争取改变决定。
• 法律救济：若沟通协商无果，企业可依法申请行政复议或提起行政诉讼，通过法律途径维护自身合法权益。

总结来看，企业失信后，自然资源部门不给办理矿权是否合法，需结合具体失信行为、相关法律法规以及审批程序的合法性来综合判断。若您作为企业方遇到此类问题，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和应对策略。