判决书确实要求对不采纳的意见提出理由，这是基于法律规定的明确要求，旨在保障司法公正和透明，确保当事人的合法权益得到充分保护。以下是对这一问题的详细分析：

一、法律依据

根据《民诉法证据若干规定》第九十七条第一款的规定：“人民法院应当在裁判文书中阐明证据是否采纳的理由”。这一规定明确要求了法院在判决书中需要对证据的采纳与否进行说明，并给出相应的理由。此外，《关于印发<人民法院民事裁判文书制作规范><民事诉讼文书样式>通知》也进一步细化了这一要求，规定对有争议的证据，应当写明争议的证据名称及人民法院对于争议证据认定的意见和理由。

二、法律意义

1. 保障司法公正：通过阐明证据采纳与否的理由，法院能够向当事人展示其判决的依据和过程，从而增强判决的公正性和可信度。
2. 促进当事人服判：当当事人了解法院为何采纳或不采纳其提供的证据时，他们更可能接受判决结果，减少上诉和另行起诉的可能性，从而节约司法资源。
3. 提升司法透明度：阐明证据采纳理由有助于提升司法的透明度，使公众对司法过程有更深入的了解，增强对司法的信任。

三、实践应用

在实际操作中，法院会严格按照法律规定，在判决书中对证据的采纳与否进行详细说明。例如，对于有争议的证据，法院会写明证据的名称、争议点以及法院认定的意见和理由。对于不予采纳的证据，法院也会明确说明不予采纳的原因，如证据不足、与案件无关或存在其他瑕疵等。

四、当事人的权益与应对

1. 权益保障：如果当事人发现判决书中未阐明证据采纳与否的理由，或者认为法院的理由不充分、不合理，他们有权提出上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。
2. 应对建议：
   • 仔细阅读判决书：当事人应仔细阅读判决书，特别是关于证据采纳与否的部分，确保自己理解法院的判决依据。
   • 及时提出异议：如果当事人对判决书的理由有异议，应及时向法院提出，并附上相应的法律依据和事实依据。
   • 寻求专业帮助：在处理此类问题时，当事人可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。

五、特殊情况的处理

在某些特殊情况下，如证据涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密等，法院可能会在判决书中对部分证据的采纳理由进行简化或省略。但即便如此，法院也应在保护相关利益的前提下，尽可能地向当事人阐明判决的依据和过程。

总结来看，判决书要求对不采纳的意见提出理由是法律规定的明确要求，也是保障司法公正和透明的重要措施。当事人在面对判决书时，应仔细阅读并理解其中的证据采纳理由部分，如有异议应及时提出并寻求专业帮助。如果您在合同纠纷或其他法律领域遇到问题，欢迎直接向我咨询。