职务侵占4万元，检察院不一定会起诉。是否起诉需结合具体案情，依据法律和司法实践进行综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、法律对职务侵占罪的规定及立案标准

根据《中华人民共和国刑法》第二百七十一条第一款的规定，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。而《最高人民法院、最高人民检察院关于办理贪污贿赂刑事案件适用法律若干问题的解释》第十一条第一款规定，职务侵占罪中的“数额较大”起点为六万元。不过，在实际操作中，各地司法机关可能会根据具体情况和司法解释的精神，对职务侵占罪的立案标准有所调整。一般来说，侵占金额达到三万元至十万元以上的，就可能构成职务侵占罪，并会被立案追诉。尽管4万元未达到六万元的严格标准，但已接近该数额，且具体是否立案还需结合案件的具体情况和当地司法机关的裁量。

二、检察院不起诉的情形

1. 证据不足：检察院会审查指控职务侵占的证据是否充足。若证据不足，可能退回补充侦查或决定不起诉。
2. 犯罪情节轻微：若犯罪情节较为轻微，按照刑法规定无需判处刑罚或者可免除刑罚，检察院可以作出不起诉决定。例如，犯罪嫌疑人具备自首、立功、退赃退赔、取得被害人谅解等从轻、减轻处罚的情节，综合全案情况来看，就有可能被认定为犯罪情节轻微。
3. 其他法定情形：如犯罪嫌疑人死亡、已过追诉时效期限等，检察院也会依法作出不起诉决定。

三、具体案例分析

以小朱为例，小朱系某公司员工，利用职务之便侵占公司资金4万元。公司发现后报警，小朱得知后主动向公安机关投案自首，如实供述了自己的犯罪事实。之后，小朱积极退赔了全部侵占款项4万元，并取得了公司的书面谅解。在这种情况下，检察院会根据具体案件情况来审查判断是否作出不起诉决定。如果检察院认为小朱的犯罪情节轻微，且具备自首、退赃退赔、取得被害人谅解等从轻、减轻处罚的情节，那么就有可能作出不起诉决定。

四、建议

1. 积极配合调查：如果涉嫌职务侵占，应积极配合公安机关和检察院的调查工作，如实供述自己的犯罪事实。
2. 争取从轻、减轻处罚的情节：如自首、立功、退赃退赔、取得被害人谅解等，这些情节有助于争取不起诉或减轻处罚。
3. 咨询专业律师：在面临刑事指控时，咨询专业律师以获取法律帮助和辩护是非常重要的。

职务侵占4万元，检察院是否起诉需结合具体案情判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。