结论前置：职务侵占案件中，检察院不起诉是否会留下案底，主要取决于不起诉的具体类型。法定不起诉和证据不足不起诉通常不会留下案底，而酌定不起诉则可能根据具体情况留有相关违法犯罪记录，但这些记录并不等同于正式的犯罪记录或案底。
详细分析：
法定不起诉：
- 情形：在职务侵占案件中，如果检察院认为犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪，或者犯罪已过追诉时效期限，或者经特赦令免除刑罚等，根据《刑事诉讼法》的相关规定，检察院会作出法定不起诉的决定。
- 影响：由于这些情形下犯罪嫌疑人的行为不被认定为犯罪或依法不需追究刑事责任，因此不会留下案底。
酌定不起诉：
- 情形：对于职务侵占案件，如果犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，检察院可以作出酌定不起诉的决定。
- 影响：尽管犯罪嫌疑人的行为已构成犯罪，但由于情节轻微，检察院决定不起诉。这种情况下，可能会有相关违法犯罪记录留存于公安机关或检察机关的内部系统中，但这些记录并不等同于正式的犯罪记录或案底，且对个人的日常生活和工作一般不会产生直接影响。不过，需要注意的是，某些特定行业或职业可能对此类记录有特殊要求或限制。
证据不足不起诉：
- 情形：在职务侵占案件中，如果经过二次补充侦查后，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件，根据《刑事诉讼法》的规定，检察院会作出证据不足不起诉的决定。
- 影响：由于现有证据无法证明犯罪嫌疑人有罪，因此不会留下案底。
特殊情况与注意事项：
- 强制措施记录：即使检察院不起诉，但如果犯罪嫌疑人在之前已经被公安机关采取了强制措施（如拘留、逮捕等），这些记录可能会在公安机关的内部系统中留存。然而，这些记录并不构成犯罪记录或案底。
- 后续情况变化：若后续出现新证据或情况发生变化，导致案件重新进入司法程序并被法院判决有罪，则将留下犯罪记录。
总结与建议：
综上所述，职务侵占案件中检察院的不起诉决定对案底的影响因不起诉的类型而异。在大多数情况下，特别是法定不起诉和证据不足不起诉的情况下，不会留下案底。然而，在酌定不起诉的情况下，可能会留有一些相关的违法犯罪记录，但这些记录并不等同于正式的犯罪记录或案底。如果你或你身边的人遇到此类情况，有任何疑问或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律解答。